求教针对VASP分子动力学计算的数据结果分析问题

Answer 1

1. 如何提取温度-时间和总能-时间变化信息？
温度，能量-时间信息在OSZICAR里面，可以用grep提取。
2. 一般有哪几种方式可以得到径向分布函数RDF分布曲线？
不懂什么意思，RDF曲线按公式算就行。好像有中子衍射数据的话可以做Fourier变换从试验上得到，这块不太懂。
3. VMD读取vasprun.xml得到RDF的具体操作步骤是什么？尤其是不懂selection1、selection2如何选取？
数据导入到vmd后，点extension->radio distribution funcion->Use Molecule选你需要的molecue,一般直接把xml文件拖进去的话这个只有一个，选了就行。
selection 1 和 selection 2分别是中心原子（类）和相对原子（类）。
这里要用vmd的选择原子的语言，比如，我算vasp时候INCAR里面是Li和O，那么vasp.xml导入vmd以后就会有type Li和type O。这里type是关键字。
以我的为例子，我selection 1 里面写type Li，selection 2里面也写type Li。那我得到的就是Li的g（r）。
你的体系要自己看了。如果对特定分子有要求，就要自己对原子进行重新定义。