超市经营蔬菜水果需要办理食品经营许可证，食品流通许可证已废止。
根据《食品经营许可管理办法》：
第二条 在中华人民共和国境内，从事食品销售和餐饮服务活动，应当依法取得食品经营许可。
食品经营许可的申请、受理、审查、决定及其监督检查，适用本办法。
第四条 食品经营许可实行一地一证原则，即食品经营者在一个经营场所从事食品经营活动，应当取得一个食品经营许可证。
第十三条申请人应当如实向食品药品监督管理部门提交有关材料和反映真实情况，对申请材料的真实性负责，并在申请书等材料上签名或者盖章。
扩展资料
《食品经营许可管理办法》中规定：
第四十条县级以上地方食品药品监督管理部门应当建立食品许可管理信息平台，便于公民、法人和其他社会组织查询。
县级以上地方食品药品监督管理部门应当将食品经营许可颁发、许可事项检查、日常监督检查、许可违法行为查处等情况记入食品经营者食品安全信用档案，并依法向社会公布；对有不良信用记录的食品经营者应当增加监督检查频次。
《中华人民共和国食品安全法》中规定：
第八十五条 食品检验由食品检验机构指定的检验人独立进行。
检验人应当依照有关法律、法规的规定，并按照食品安全标准和检验规范对食品进行检验，尊重科学，恪守职业道德，保证出具的检验数据和结论客观、公正，不得出具虚假检验报告。
参考资料来源：
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