一般科员公务员因私出境不会被海关拦下。
根据2003年中共中央组织部 公安部 人事部《关于<加强国家工作人员因私事出国（境）管理的暂行规定>的通知》第四条 下列国家工作人员（以下称“登记备案人员”）申请因私事出国（境），须向户口所在地的公安机关出入境管理部门提交所在工作单位对申请人出国（境）的意见。
（一）各级党政机关、人大、政协、人民法院、人民检察院、人民团体、事业单位在职的县（处）级以上领导干部，离
（退）休的厅（局）级以上干部；
（二）金融机构、国有企业的法人代表，县级以上金融机构领导成员及其相应职级的领导干部，国有大中型企业中层以上管理人员，国有控股、参股企业中的国有股权代表；
（三）各部门、行业中涉及国家安全及国有资产安全、行业机密的人员。
所以说在岗人员需要到公安机关出入境管理部门报批的需县处级以上领导干部，一般科员履行所在单位请假报批程序即可。
扩展资料：
近年来，中央就加强领导干部出国（境）管理等工作出台了一系列规定。但一些地方和部门仍存在防范意识不强、执行政策不严等问题，个别领导干部外逃现象时有发生，给党和国家造成恶劣影响。 对共产党员、国家公职人员违规出国境的处理规定：
《中国共产党纪律处分条例》第七十七条 违反有关规定办理因私出国（境）证件、前往港澳通行证，或者未经批准出入国（边）境，情节较轻的，给予警告或者严重警告处分；情节较重的，给予撤销党内职务处分；情节严重的，给予留党察看处分。
第七十八条 驻外机构或者临时出国（境）团（组）中的党员擅自脱离组织，或者从事外事、机要、军事等工作的党员违反有关规定同国（境）外机构、人员联系和交往的，给予警告、严重警告或者撤销党内职务处分。
第七十九条 驻外机构或者临时出国（境）团（组）中的党员，脱离组织出走时间不满六个月又自动回归的，给予撤销党内职务或者留党察看处分；脱离组织出走时间超过六个月的，按照自行脱党处理，党内予以除名。
故意为他人脱离组织出走提供方便条件的，给予警告、严重警告或者撤销党内职务处分。
第九十八条 有下列行为之一，对直接责任者和领导责任者，情节较轻的，给予警告或者严重警告处分；情节较重的，给予撤销党内职务或者留党察看处分；情节严重的，给予开除党籍处分：
（一）用公款旅游、借公务差旅之机旅游或者以公务差旅为名变相旅游的；
（二）以考察、学习、培训、研讨、招商、参展等名义变相用公款出国（境）旅游的。
第一百二十二条 以不正当方式谋求本人或者其他人用公款出国（境），情节较轻的，给予警告处分；情节较重的，给予严重警告处分；情节严重的，给予撤销党内职务处分。
参考资料：百度百科-党员纪律处分条例
可以, 现在只是控制处级以上的干部护照的发放, 科员没问题的。
拓展：申领护照须履行的手续：
（1）公民因私出国时，凭居民身份证、户口簿和其他户籍证明即可向本人户口所在地的市、县公安机关的出入境管理部门提出申请，然后领取并填写《中国公民出国（境）申请审批表》；
（2）提交近期正面免冠彩色照片5张，（规格为小二寸32MMx40MM）；
（3）提交与出国境事由相应的证明；
（4）提交出入境管理部门认为必须提供的其它证明材料。
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