怎样用shell语言去掉指定列值的行。

Question

比如文件内容为:
hhhh gm01 111
xxxxx scaffold 22222
lllllllllll gmo3 44444
我想删除第二列为gm*的行？请求各位大侠帮忙~~

Answer 1

假设你的数据保存在dat，shell中执行下面的命令：
awk '
$2 !~ /gm.*/{
print;
}
' dat

他的意思是 如果某行的第2字段不匹配gm* 那么就输出这一行。

追问

如果不匹配gm*也不匹配scaffold呢？

追答

awk '
if (($2 !~ /gm.*/) && ($2 !~ /scaffold/))
{
print;
}
' dat
加上一个判断就行了
不匹配gm*同时不匹配scaffold
记得采纳哈。

追问

真的很感谢你，帮你了我很大忙，但是我在操作的时候除了删除了Gm*的行 也删除了Glycine_*的行，我也不知道怎么回事，我是这样写的cat soybean_22.sam|awk '$3!~/Gm*/{print;}'>>soybean_22.sam

追答

$3!~/Gm*/{print;}'>>soybean_22.sam
你匹配的是第三字段，你确认没错？而且应该是 Gm.* 不是Gm*
awk 正则表达式和 shell通配符，有区别的。

Answer 2

awk '{
for(i=1;i<NF;i++)
if(i!=2)
printf("%s%s", $i, FS)
print $NF
}' dat

Answer 3

假设你的数据保存在dat，shell中执行下面的命令：
awk
'
$2
!~
/gm.*/{
print;
}
'
dat
他的意思是
如果某行的第2字段不匹配gm*
那么就输出这一行。
--------
加上一个判断就行了
awk
'
if
(($2
!~
/gm.*/)
&&
($2
!~
/scaffold/))
{
print;
}
'
dat
不匹配gm*同时不匹配scaffold
记得采纳哈。