应纳税额的计算方法不同：一般纳税人采用由当期销项税额抵减当期进项税额的方法计算应缴税款，即应纳税额=当期销项税额-当期进项税额，而小规模纳税人实行简易办法计算应纳税款，即按照销售额和规定的征收率计算应纳税额，计算公式为：应纳税额=销售额×征收率。
但符合一般纳税人条件如果不申请办理一般纳税人认定手续的和会计核算不健全，或者未能提供准确税务资料的一般纳税人，应按销售额依照增值税税率计算应纳税款，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票，即应纳税额=销售额×增值税税率。
纳税人申请一般纳税人的注意事项
申请转正而未通过被取消临时一般纳税人资格的企业，应当缴销领购的增值税专用发票，停止使用增值税专用发票，如果已纳入防伪税控系统，就要缴金税卡、销防伪税控ic卡。
市内跨区迁移的一般纳税人应在税务登记变更时，向迁出地税务机关缴销增值税专用发票及其领购簿，注销防伪税控机金税卡、ic卡的登记资料，并且持迁出地税务机关开具的一般纳税人迁移证明及有关资料向迁入地税务机关申请核准一般纳税人资格，填报《增值税一般纳税人核准申请表》一式二份。
迁入地税务机关按规定的程序审核企业资格，核定其月专用发票供票面值与供票数量及限额，制发《增值税一般纳税人核准通知书》。
一般纳税人与小规模纳税人的做账区别如下：
1、税率不同
一般纳税人的基本税率17%，税法还列举了5类适应13%低税率的货物，还有几项特殊业务按简易办法征收。还有零税率应税劳务和货物。
而小规模纳税人的商业小规模按4%征收率;商业以为小规模按6%。
2、税收管理规定不同
一般纳税人：销售货物或提供应税劳务可以开具增值税专用发票;购进货物或应税劳务可以作为当期进项税抵扣;计算方法为销项减进项。
小规模纳税人：只能使用普通发票;购进货物或应税劳务即使取得了增值税专用发票也不能抵扣。
3、税率计算方法不同
一般纳税人做账计算公式为：
经营净收入=经营收入-经营费用-生产性固定资产折旧-生产税+
出租房屋净收入、出租其他资产净收入和自有住房折算净租金等。财产净收入不包括转让资产所有权的溢价所得。
转移净收入 计算公式为：转移净收入=转移性收入-转移性支出
而小规模税人做账计算公式表示为：人均可支配收入实际增长率= （报告期人均可支配收入/基期人均可支配收入）/居民消费价格指数-100%。
参考资料来源：百度百科-一般纳税人
百度百科-小规模纳税人