南明建国前后，大顺已被清朝击溃，李自成先后丢失北京和西安，退往湖北。清顺治二年(1645年)三月，多尔衮将军事重心东移，命多铎移师南征。此时弘光政权内部正进行着激烈的党争，暴发太子案，驻守武昌的左良玉不愿与李自成正面交战，以“清君侧”为名，顺长江东下争夺南明政权。马士英被迫急调江北四镇迎击左军，致使面对清军的江淮防线陷入空虚。史可法时在扬州虽有督师之名，却实无法调动四镇之兵。一月之中，清军破徐州，渡淮河，兵临扬州城下。四月廿五，扬州城陷，史不屈遇害。随后，清军渡过长江，克镇江。弘光帝出奔芜湖。五月十五众大臣献南京投降清兵；五月廿二朱由嵩被虏获，送往北京处死，弘光政权仅一年，即覆灭。 李自成行宫
南京失陷后，又有杭州的潞王朱常淓(1645)、应天的威宗太子王之明(1645)、抚州的益王朱慈炲(1645)、福州的唐王朱聿键(1645-1646)、绍兴的鲁王朱以海(1645-1653)、桂林的靖江王朱亨嘉(1645)等政权先后建立，其中以鲁、唐二王政权较有实力。这时清朝再次宣布剃发令，江南一带掀起了反剃发的抗清斗争，清军后方发生动乱，一时无力继续南进。但南明内部严重的党派斗争与地方势力跋扈自雄，且鲁、唐二王政权不但没有利用这种有利形势，发展抗清斗争，反而在自己之间为争正统地位而形同水火，各自为战，所以当1646年清军再度南下时，先后为清军所各各击灭。鲁王在张煌言等保护下逃亡海上，在沿海一带继续抗清；唐王则被清军俘杀。 11月，在广州和肇庆又成立了两个南明政权：唐王弟朱聿??(1646)称帝于广州，改明年为绍武元年；桂王朱由榔(1646-1662)称帝于肇庆，改元永历。这两个政权也不能团结，甚至大动干戈，互相攻伐。绍武政权仅存在40天就被清军消灭。揭阳的益王朱由榛（1647）、夔州的楚王朱容藩（1649）称监国与桂王争立。郑成功也在南澳一度立淮王朱常清(1648)为监国，后废。桂王在清军进逼下逃入广西。
农民军加入
正当南明政权一个接一个地覆亡，形势万分危急之际，大顺农民军余部出现在抗清斗争最前线，挽救了危局。自李自成于1645年战死于九宫山后，他的余部分为二支，分别由郝摇旗、刘体纯和李过、高一功率领，先后进入湖南，与明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡联合抗清。1647年，郝摇旗部护卫逃来广西的桂王居柳州，并出击桂林。年底，大败清军于全州，进入湖南。次年，大顺军余部又同何腾蛟、瞿式耜的部队一起，在湖南连连取得胜利，几乎收复了湖南全境。这时，广东、四川等地的抗清斗争再起，清江西提督金声桓、清广东提督李成栋、清广西巡抚耿献忠、清大同总兵姜镶、清延安营参将王永强、清甘州副将米喇印先后反正回归明朝，清军后方的抗清力量也发动了广泛的攻势。一时间，永历政权名义控制的区域扩大到了云南、贵州、广东、广西、湖南、江西、四川七省，还包括北方山西、陕西、甘肃三省一部以及东南福建和浙江两省的沿海岛屿，出现了南明时期第一次抗清斗争的高潮。 但永历政权内部仍然矛盾重重，各派政治势力互相攻讦，农民军也倍受排挤打击，不能团结对敌，这就给了清军以喘息之机。1649—1650年，何腾蛟、瞿式耜先后在湘潭、桂林的战役中被俘杀，清军重新占领湖南、广西；其他刚刚收复的失地也相继丢掉了。不久，李过之子李来亨等农民军将领率部脱离南明政府，转 移到巴东荆襄地区组成夔东十三家军，独立抗清。这支部队一直坚持到1664年。 李自成顽强拼搏
综观1645-1651年间，南明军与清军作战中，败多胜少，大批南明的军队先后降清。先后丢失了江苏、安徽、浙江、江西、福建、两广、两湖等等领地，地盘尽失。直到以孙可望为主的大西军加入，再次改变了整个局势。 张献忠于1646年战死后，以其义子孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等人为主的大西军残部自1647年进占云南、贵州二省。1652年，南明永历政权接受孙可望和李定国的建议联合抗清建议，定都安龙。不久，以大西军余部为主体的南明军对清军展开了全面反击。李定国率军8万东出湖南，取得靖州大捷，收复湖南大部；随后南下广西，取得桂林大捷，击毙清定南王孔有德，收复广西全省；然后又北上湖南取得衡阳大捷，击毙清敬谨亲王尼堪，天下震动。同时，刘文秀亦出击四川，取得叙州大捷、停溪大捷，克复川南、川东。孙可望也亲自率军在湖南取得辰州大捷。东南沿海的张煌言、郑成功等的抗清军队也乘机发动攻势，接连取得江东桥大捷、崇武大捷、海澄大捷的一连串胜利，并接受了永历封号。一时间，永历政权名义控制的区域恢复到了云南、贵州、广西三省全部，湖南、四川两省大部，广东、江西、福建、湖北四省一部，出现了南明时期第二次抗清斗争的高潮。 之后，刘文秀于四川用兵失利，在保宁战役中被吴三桂侥幸取胜。而孙可望妒嫉李定国桂林、衡州大捷之大功，逼走李定国，自己统兵却在宝庆战役中失利。东南沿海的郑成功也在漳州战役中失利。所以明军在四川、湖南、福建三个战场上没能扩大战果，陷入了与清军相持的局面。之后李定国与郑成功联络，于1653年、1654年率军两次进军广东，约定与郑会师广州，一举收复广东，但郑军屡误约期，加上瘟疫流行，导致肇庆战役和新会战役没能成功。但郑成功部队并没有闲着，1656年，郑军取得泉州大捷，1657年又取得护国岭大捷。
永历十年（1656年），孙可望秘谋篡位，引发了南明内部一场内讧，李定国拥桂王至云南，次年大败孙可望，孙可望势穷降清。孙可望降清后，西南军事情报尽供清廷，云贵虚实尽为清军所知。永历十二年（1658年）四月，清军主力从湖南、四川、广西三路进攻贵州。年底吴三桂攻入云南，次年正月，下昆明，进入云南，桂王狼狈西奔，进入缅甸。李定国率全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭敌人追兵，结果因内奸泄密导致未能大获全胜，南明军精锐损失殆尽，此即磨盘山血战。这时郑成功趁清军主力大举攻击西南之际，率领十余万大军北伐，一度兵临南京城下，然而郑军中了清军缓兵之计，最终失败，撤回厦门。清军派大军围攻厦门，企图一举歼灭郑成功，但郑成功沉着应战，取得厦门大捷的胜利，稳定了东南沿海局势。永历十五年（1661年），吴三桂率清军入缅，索求桂王，十二月缅甸国王将桂王交于清军，次年四月桂王与其子等被吴三桂处死于昆明。七月，李定国在真腊得知桂王死讯，亦忧愤而死。 此后郑成功政权继续奉永历为正朔。1683年，清军占领台湾，朱术桂自杀殉国，标志着南明最后一个政权的覆灭。
南京失陷后，又有杭州的潞王朱常淓(1645)、应天的威宗太子王之明(1645)、抚州的益王朱慈炲(1645)、福州的唐王朱聿键(1645-1646)、绍兴的鲁王朱以海(1645-1653)、桂林的靖江王朱亨嘉(1645)等政权先后建立，其中以鲁、唐二王政权较有实力。这时清朝再次宣布剃发令，江南一带掀起了反剃发的抗清斗争，清军后方发生动乱，一时无力继续南进。但南明内部严重的党派斗争与地方势力跋扈自雄，且鲁、唐二王政权不但没有利用这种有利形势，发展抗清斗争，反而在自己之间为争正统地位而形同水火，各自为战，所以当1646年清军再度南下时，先后为清军所各各击灭。鲁王在张煌言等保护下逃亡海上，在沿海一带继续抗清；唐王则被清军俘杀。 11月，在广州和肇庆又成立了两个南明政权：唐王弟朱聿??(1646)称帝于广州，改明年为绍武元年；桂王朱由榔(1646-1662)称帝于肇庆，改元永历。这两个政权也不能团结，甚至大动干戈，互相攻伐。绍武政权仅存在40天就被清军消灭。揭阳的益王朱由榛（1647）、夔州的楚王朱容藩（1649）称监国与桂王争立。郑成功也在南澳一度立淮王朱常清(1648)为监国，后废。桂王在清军进逼下逃入广西。
农民军加入
正当南明政权一个接一个地覆亡，形势万分危急之际，大顺农民军余部出现在抗清斗争最前线，挽救了危局。自李自成于1645年战死于九宫山后，他的余部分为二支，分别由郝摇旗、刘体纯和李过、高一功率领，先后进入湖南，与明湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡联合抗清。1647年，郝摇旗部护卫逃来广西的桂王居柳州，并出击桂林。年底，大败清军于全州，进入湖南。次年，大顺军余部又同何腾蛟、瞿式耜的部队一起，在湖南连连取得胜利，几乎收复了湖南全境。这时，广东、四川等地的抗清斗争再起，清江西提督金声桓、清广东提督李成栋、清广西巡抚耿献忠、清大同总兵姜镶、清延安营参将王永强、清甘州副将米喇印先后反正回归明朝，清军后方的抗清力量也发动了广泛的攻势。一时间，永历政权名义控制的区域扩大到了云南、贵州、广东、广西、湖南、江西、四川七省，还包括北方山西、陕西、甘肃三省一部以及东南福建和浙江两省的沿海岛屿，出现了南明时期第一次抗清斗争的高潮。 但永历政权内部仍然矛盾重重，各派政治势力互相攻讦，农民军也倍受排挤打击，不能团结对敌，这就给了清军以喘息之机。1649—1650年，何腾蛟、瞿式耜先后在湘潭、桂林的战役中被俘杀，清军重新占领湖南、广西；其他刚刚收复的失地也相继丢掉了。不久，李过之子李来亨等农民军将领率部脱离南明政府，转 移到巴东荆襄地区组成夔东十三家军，独立抗清。这支部队一直坚持到1664年。 李自成顽强拼搏
综观1645-1651年间，南明军与清军作战中，败多胜少，大批南明的军队先后降清。先后丢失了江苏、安徽、浙江、江西、福建、两广、两湖等等领地，地盘尽失。直到以孙可望为主的大西军加入，再次改变了整个局势。 张献忠于1646年战死后，以其义子孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等人为主的大西军残部自1647年进占云南、贵州二省。1652年，南明永历政权接受孙可望和李定国的建议联合抗清建议，定都安龙。不久，以大西军余部为主体的南明军对清军展开了全面反击。李定国率军8万东出湖南，取得靖州大捷，收复湖南大部；随后南下广西，取得桂林大捷，击毙清定南王孔有德，收复广西全省；然后又北上湖南取得衡阳大捷，击毙清敬谨亲王尼堪，天下震动。同时，刘文秀亦出击四川，取得叙州大捷、停溪大捷，克复川南、川东。孙可望也亲自率军在湖南取得辰州大捷。东南沿海的张煌言、郑成功等的抗清军队也乘机发动攻势，接连取得江东桥大捷、崇武大捷、海澄大捷的一连串胜利，并接受了永历封号。一时间，永历政权名义控制的区域恢复到了云南、贵州、广西三省全部，湖南、四川两省大部，广东、江西、福建、湖北四省一部，出现了南明时期第二次抗清斗争的高潮。 之后，刘文秀于四川用兵失利，在保宁战役中被吴三桂侥幸取胜。而孙可望妒嫉李定国桂林、衡州大捷之大功，逼走李定国，自己统兵却在宝庆战役中失利。东南沿海的郑成功也在漳州战役中失利。所以明军在四川、湖南、福建三个战场上没能扩大战果，陷入了与清军相持的局面。之后李定国与郑成功联络，于1653年、1654年率军两次进军广东，约定与郑会师广州，一举收复广东，但郑军屡误约期，加上瘟疫流行，导致肇庆战役和新会战役没能成功。但郑成功部队并没有闲着，1656年，郑军取得泉州大捷，1657年又取得护国岭大捷。
永历十年（1656年），孙可望秘谋篡位，引发了南明内部一场内讧，李定国拥桂王至云南，次年大败孙可望，孙可望势穷降清。孙可望降清后，西南军事情报尽供清廷，云贵虚实尽为清军所知。永历十二年（1658年）四月，清军主力从湖南、四川、广西三路进攻贵州。年底吴三桂攻入云南，次年正月，下昆明，进入云南，桂王狼狈西奔，进入缅甸。李定国率全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭敌人追兵，结果因内奸泄密导致未能大获全胜，南明军精锐损失殆尽，此即磨盘山血战。这时郑成功趁清军主力大举攻击西南之际，率领十余万大军北伐，一度兵临南京城下，然而郑军中了清军缓兵之计，最终失败，撤回厦门。清军派大军围攻厦门，企图一举歼灭郑成功，但郑成功沉着应战，取得厦门大捷的胜利，稳定了东南沿海局势。永历十五年（1661年），吴三桂率清军入缅，索求桂王，十二月缅甸国王将桂王交于清军，次年四月桂王与其子等被吴三桂处死于昆明。七月，李定国在真腊得知桂王死讯，亦忧愤而死。 此后郑成功政权继续奉永历为正朔。1683年，清军占领台湾，朱术桂自杀殉国，标志着南明最后一个政权的覆灭。
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