有区别。
妨害公务罪属于刑事犯罪，处罚比较重，侵害的主体造成的后果无区别。阻碍执行职务属一般治安案件，处罚就是拘留几天，阻碍公安执法多加几天，最多也是15天。
妨害公务罪是指以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员、人大代表依法执行职务，或者在自然灾害中和突发事件中，使用暴力、威胁方法阻碍红十字会工作人员依法履行职责，或故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务，虽未使用暴力，但造成严重后果的行为。
妨害公务罪侵犯了国家的正常管理活动。任何一个国家欲求得稳定有序的存在与发展，都必须享有一系列的管理职能，进行一系列的管理活动，而这些管理活动通常是通过国家机关等组织机构中的工作人员依法执行职务、履行职责来实现的。
妨害公务罪属于刑事犯罪，处罚比较重。阻碍执行职务属一般治安案件，处罚就是拘留几天，最多也是15天。
妨碍公务罪
【简介】
妨害公务罪是指以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员、人大代表依法执行职务，或者在自然灾害中和突发事件中，使用暴力、威胁方法阻碍红十字会工作人员依法履行职责，或故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务，虽未使用暴力，但造成严重后果的行为。 本罪主观上限于故意，即行为人必须明知上述人员正在依法执行公务而加以阻碍，才能构成本罪。犯本罪处3年以下有期徒刑、拘役。
【构成特征】
1、侵犯的客体是国家机关和红十字会的公务活动。侵犯的对象只能是正在依法执行职务、履行职责的国家机关工作人员、人民代表大会代表和红十字会工作人员。
2、客观方面表现为以暴力、威胁方法阻碍人民代表大会代表十字会工作人员依法执行职务或者履行职责的行为，或者阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务，未使用暴力、威胁方法，但造成严重后果的行为。
3、本罪的主体为一般主体。
4、本罪的主观方面一般为直接故意。
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