苍蝇身体感染的许多细菌，主要躲藏在消化道里。 这些细菌大部分对人是有害的，如伤寒杆菌、痢疾杆菌和其他病原体等，但它们对苍蝇本身没有害处。 因为有些致病的微生物，虽在媒介昆虫体内可以生存下去，或能进行繁殖，可是不会对昆虫本身带来害处。 这是由于致病微生物与媒介昆虫之间，在长期的进化过程中形成的一种适应。 根据试验证明，很多对人有害的细菌，在苍蝇的消化道内仅生活五六天，一部分死亡，一部分随着粪便排出体外。 所以，苍蝇虽然专门呆在脏地方，身体内也携带很多细菌，但这些细菌不会使它生病。
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