医院有37个临床医疗科室和11个医技科室,同时还有40余个教研室、研究室和实验室。医院有内科学呼吸系病、皮肤与性病学、普通外科学和内分泌与代谢病学4个国家重点学科和影像医学与核医学1个国家重点培育学科;拥有免疫皮肤学和艾滋病免疫学2个卫生部重点实验室;内科学传染病、呼吸系病、内分泌与代谢病、心血管病、消化系病,外科学普通外科、骨外、泌尿外、神经外科,肿瘤学、神经病学、皮肤病与性病学、麻醉学、临床检验诊断学、影像医学与核医学、眼科学等16个辽宁省重点学科;内科学肾病和血液病2个辽宁省重点培育学科;周围血管病与肿瘤介入诊疗技术、医院感染管理、器官移植、临床病理、血液透析和重症监护病房6个辽宁省卫生厅质量控制中心以及器官移植、甲状腺疾病、艾滋病免疫学、介入治疗与器材开发等13个辽宁省级重点实验室。