到现在为止，他还不知道，有数次怀疑过，如下几集中有体现：
1、TV007中，每月一份礼物威胁事件（第一次怀疑柯南是新一，结果博士用变声器打了圆场）
2、TV096-97中， 走头无路的名侦探--连续两大杀人事件（小兰发现一张她和新一小时侯的照片,发现柯南和新一小时候长得一模一样,差点被识破，后来新一妈妈回来帮了新一，说柯南是亲戚小孩）
3、TV188-TV193中，这六集的危命的复活系列小兰都在怀疑，后来灰原给柯南制作了临时解药变大成新一，他自己用变声器扮成柯南，瞒过了小兰
4、TV400心存疑惑的兰
5、剧场版3 世纪末的魔术师
拓展资料：
剧情简介
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了。
参考链接：
柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和一位魔术师的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。
解决方法是，当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。
400 心存疑惑的小兰（回忆）
近期小兰越加怀疑柯南就是新一。柯南放在那里的手机被小兰给看到，她想从手机的邮件确认自己的怀疑。小兰在开机画面中发现手机被锁定了。正想解除密码暗号的时候，外面有汽车喇叭的相声，小兰看到那车的号码是46-49（yoroshiku），想起半年前与新一约会的事情…
172～173复活的死亡讯息（看了很多答案，都没有人提到这一集啊）
当小兰和园子问柯南会不会滑冰时，柯南假装摔倒，小兰觉得很假；案发时，柯南听到园子的尖叫，很快地溜向了案发地点，看着柯南溜冰的模样，兰再次产生了疑惑。
柯南并不知道兰开始怀疑他就是新一，因此也就没有什么所谓的解决方法。
有两个兰的特写镜头，细细品品味，你就明白了
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤之下的名侦探
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
至于这个6集的危命的复活系列，个人认为兰已经在心中确认柯南就是新一，否则怎么一开始当毛利大叔建议兰和柯南一块洗澡，兰出现的一个惊慌失措？害羞？的特写镜头呢（以前一块洗的时候怎么没见过她有这种表情），及后来的兰毫不犹豫地为柯南献血事件呢？（这应该就是因为《复活的死亡讯息》中的疑惑所导致的结果吧）
解决方法是，哀给柯南制了临时解药，让他暂时变回新一，而自己用口罩型变声器变成柯南。
398～399奇妙一家的委托
400心存疑惑的兰
兰发短信给新一，但柯南的手机却在这适合想了起来，看着柯南一系列慌张的表情，兰再次怀疑柯南就是新一。
解决方法是，在之前柯南就把博士和自己一样的手机借来把手机链换了，让兰研究博士的手机，然后再用自己的手机打给兰，解决了兰的疑惑。
剧场版
第3部《世纪末的魔术师》
因为柯南说了自己的生日在5月4日，让兰联想到了新一，柯南在洞中救兰时，兰又感觉到了新一,所以怀疑他是新一。
解决方法是，当小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南一筹莫展正要招供时，基德伪装成新一(基德与新一本身就像，因此不用大伪装)出现在小兰家里。基德之所以这样做，是为了报答柯南救鸽子之恩。（个人认为这时的基德很多事）本回答被提问者采纳
目前已出的《名侦探柯南》中。小兰还并不知道柯南就是新一。
有几次因为柯南的表现和新一相似使得小兰怀疑柯南和新一是同一人，但是柯南每次都用方法瞒了过去。其中这几集都是小兰对新一的身份产生怀疑。
第 7集《每月一件礼物威胁事件》
第 96集《走投无路的名侦探！连续两大杀人事件》
第 162集《飞天密室 工藤新一最初的事件》
第 174集《二十年的杀意 新佛尼号连续杀人事件》
拓展资料：
剧情简介
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！
江户川柯南
外表看似小孩，其真实身份是高中生侦探——工藤新一。和青梅竹马的同学毛利兰一起去游乐园玩，目击到黑衣男子的可疑交易现场，被灌下开发中的药物，变成了小学生的身体。那天以后，为了隐藏真实身份，化名江户川柯南，在青梅竹马的毛利兰家寄住的同时，日复一日解决了许多案件。一切都是为了恢复自己的身体。
本回答被网友采纳在已出的《名侦探柯南》里小兰还并不知道柯南就是新一，只有几次因为柯南的表现和新一相似使得小兰怀疑柯南和新一是同一人，但是每次都被柯南用方法瞒了过去！
拓展资料：下面是小兰对新一的身份产生怀疑的剧集！
第7集《每月一件礼物威胁事件》
第96集《走投无路的名侦探！连续两大杀人事件》
第164集《飞天密室 工藤新一最初的事件》
第172集《复活的死亡讯息（前篇）》
第174集《二十年的杀意 新佛尼号连续杀人事件》
第188-193集《危名的复活》系列★、第400集《心存疑惑的小兰》
剧场版第三部《世纪末的魔术师》
目前只是怀疑了小兰的疑惑：最早一次，是出现在TV007每月一件礼物胁迫事件中，露马脚的是当小兰对柯南说：这么快就找到了，不愧是新一啊而柯南答应了。解决方法是，柯南请阿莅博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人。
第二次，应该是TV096走头无路的名侦探，连续两大杀人事件里，魔术师九十九元康的妻子来到了小五郎的事务所。她觉得一个星期前被认为是自杀的丈夫是不可能自杀的，希望小五郎尽快调查现场。柯南在那里看到了有暗号的memo和被牌遮住的电话推理出了真正的犯人。
但实验品毕竟是实验品，还没等新一向小兰表白，他又变回了柯南。仔细的回忆了当初和新一的谈话后，破解了手机的密码（4869即夏洛克），发现里面没有自己发的短信，于是决定再发几条验证短信是否是发到这个手机上，结果发了几条后发现手机没反应，而真正的新一却打电话过来责备他了。
知识拓展：
工藤新一
日本漫画家青山刚昌创作作品《名侦探柯南》的主人公和《魔术快斗》中的客串角色。17岁 [1-2] ，高中生侦探，就读于帝丹高中二年级B班，人称“平成年代的福尔摩斯”“日本警察的救世主”。性格沉稳，正义感强。
在和青梅竹马的女友毛利兰一同去游乐园玩时，他在目睹黑衣组织成员秘密交易时而被偷袭，并被灌下名为“APTX4869”的毒药，虽然幸免于死，但身体就此缩小成7岁小学生的模样。之后寻求阿笠博士的帮助，在被小兰询问其名字时，化名为江户川柯南。在阿笠博士的提议下，寄住于小兰的父亲、私家侦探毛利小五郎家中，秘密调查黑衣组织。
来源于：百度百科
