有房产证就是不能过户，房主与买家中介签三方协议有效吗？

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这个要看是什么原因造成不能过户。房屋买卖合同上会有详细的责任划分，只要合同是合法的而且是合法签订，自然有效，而且还要根据约定造成不能过户的一方需要承担损失。