VMD软件简单操作介绍

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软件的获取与教程获取

以下提供软件的一个旧版本包，解压后无需安装，双击.exe文件即可使用。但需注意，将包放在纯英文路径下，否则可能运行时闪退或出现其他问题。

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提取码：p1rm

教程

软件有全面的教程，链接如下，建议下载阅读以熟练掌握。

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提取码：4plw

界面与文件读取界面介绍

双击vmd.exe打开后，会出现三个界面：

（1）main界面：所有界面化操作主要依赖此界面。

（2）图形显式界面：显示原子/分子的形态。

（3）命令行界面：进行进阶操作所需的界面。

读取的文件格式——XYZ格式

VMD支持打开的坐标文件格式之一为.xyz文件（仅一帧）/轨迹文件（多帧）。虽然还能打开PDB等其他格式，但这里不详细介绍。以下是一个.xyz文件的格式示例，主要有以下几点：

（1）每一帧的数据包括“N+2”行，其中N是原子数，第一行写有N的值。

（2）第二行可以是空白行，也可以包含体系的一些基本信息，但VMD不会读取这一行。

（3）第三至N+2行是每个原子的数据，第一列是原子的名称，通常为元素符号，但对于有机分子等体系，同种元素需要区分，可命名为“O1”“O2”等。

（4）第二至四列是原子的绝对坐标数值，若有第五至七列则为速度数值。

（5）轨迹文件由多个这样的帧堆叠形成，总行数计算公式如上所示。

了解上述规则后，可以进行一些操作，如从体系中提取局部结构，输出成.xyz文件观看movie等。

读取文件的方式

（1）直接拖拽.xyz文件至图形显示窗口。

（2）在main界面使用：File - New molecule打开窗口，点击Browse选择对应的.xyz文件然后Load打开。

需要注意的是，若使用第二种方式，.xyz文件也需要在纯英文路径下，否则可能打开失败。

画面设置main窗口的基本信息

打开一个坐标文件后，主界面上会出现一行，代表这个“分子”有多少原子。

（1）Atoms和Frames代表原子数和帧数。对于轨迹，Frames将大于1。

（2）前面的T、A、D、F分别代表该图层的状态。T和A之前不常用；D代表显示与否，黑色显示红色隐去（但未删除）；F代表固定与否，红色不固定，可以平移旋转等，黑色是固定。双击字母可以切换状态。

改变分子显示格式

导入分子后的初始样子如上图所示。

我们可能不喜欢这种细线型的显示模式，而是需要球棍或其他格式，这就需要改变体系的显示风格。方式为main界面上的：Graphics - Representations。

这个界面有丰富的应用，仅介绍一些常用的和最基本的：

（1）下拉Drawing Method可以更改显示模式，如选择CPK呈现球棍效果，Points是原子呈点状效果。

（2）选择CPK后把Bond Radius降为0，体系不显示键合。然后点击Create Rep复制一份图层，将Drawing Method选为Dynamic Bonds，把Bond Radius设置为0.1，这样Dynamic Bonds会根据每一帧的实时位置判断是否显示成键，画面会干净很多。

（3）在Periodic中创建体系的周期性复制。

（4）在Selected Atoms中输入判定条件显示部分原子。

一些显示模式的修改

有一些显示模式上的修改是十分常用的，如：

（1）坐标轴的显示位置及隐藏：Display - Axes

（2）是否用变暗表示深度：Display - Depth Cueing

（3）采用透视（近大远小）还是非透视视角：Display - Perspective or Orthographic

（4）背景颜色：Graphics - Colors - Display - Background - （color）

一些辅助操作与快捷键

有时候需要选择特定原子或标定某个键以了解原子类型、键长等信息，或旋转、平移画面。这些常用操作都有对应的快捷键，列举如下：

（1）按键盘“r”字母，即可触发rotate模式，按住鼠标左键对画面进行三维旋转。

（2）按一下数字“1”，即可切换到原子选择模式，如单击一个原子标定。同时在命令行上会出现该原子的信息，再次单击会取消选择。

（3）按一下数字“2”，即可切换到键选择模式。依次单击两个原子，即可显示键长信息。

（4）所有被选中的原子、键等都可以在Graphics - Labels窗口中看到。

以上便是对于VMD初步的应用介绍。然而VMD的使用自由度远不止这些，尤其是丰富的命令行操作完全没有涉及，如果有机会再进行介绍。再次建议有经常性使用需求的朋友阅读手册进行系统学习~