很多没有仔细读过司马迁《史记》的人，可能会认为这个问题提得很无聊，秦始皇的父亲不就是秦庄襄王吗？但是正是因为《史记》，两篇文章中对这同一件事情的描述各有不同，让秦始皇的生父到底谁，引来了千多年来无数的争论，由于史料的缺乏，估计这种争论还将延续下去。
在《史记.秦始皇本纪》中，笼统地说明了秦始皇是秦庄襄王的儿子，秦庄襄王在赵国当人质的时候，见到了吕不韦之姬（赵姬），非常喜欢，向吕不韦讨要之后娶之，秦昭王四十八年正月嬴政生于邯郸。嬴政刚出生的时候，还姓过一段时间的赵。如果仅仅从秦始皇本纪中看，秦始皇的亲生父亲就是秦庄襄王，没有任何值得怀疑的地方。
但是同一本书，同一个作者，司马迁在《史记‧吕不韦列传》里面对于嬴政出生却是另外一个更加详细的说法：
吕不韦取邯郸诸姬绝好善舞者与居，知有身。子楚从不韦饮，见而说之，因起为寿，请之。吕不韦怒，念业已破家为子楚，欲以钓奇，乃遂献其姬。姬自匿有身，至大期时，生子政。子楚遂立姬为夫人。
子楚也就是秦庄襄王的字，实际上叫做赢楚，同时也称之为子异、异人，是一个不太被重视的王子，作为人质生活在赵国。
这段文字说明，吕不韦与绝色善舞的邯郸美人赵姬一同生活，而且吕不韦也知道赵姬怀了孕，当然他更加知道这个是怀的自己的孩子。
子楚由于是个不受重视的秦王室后代（此时的秦昭王是他爷爷），被派到赵国当人质，生活很是狼狈，吕不韦见到他的时候觉得他很可怜，而且认为他是“此奇货可居”，之后更是给予了子楚大量经济上的援助，而且还动用了大量资源为子楚争取成为秦国的继承人。
在吕不韦的帮助下，子楚的名声很快就大了起来，而且他的父亲安国君也同意了立他为继承人。
子异到吕不韦家喝酒，看见赵姬后非常喜欢，便起身敬酒，同时请求吕不韦将赵姬送与自己。吕不韦一开始听到这个话后是非常生气的，但想到自己已经将全部家产都投入到子楚的前途上去了，为了钓奇，他不得不将赵姬送与子楚。而这个时候的赵姬，也隐瞒了自己已经怀孕的事实，跟从子楚并生下了儿子政，因为生下了一个儿子，赵姬为被立为了夫人。
这段故事实际上描写得很详细而且生动，就差一点就直接写吕不韦是嬴政的父亲了，也将嬴政的来历说得很清楚。
同一本《史记》，不同的篇章对于同一事情有不同的记载，这就是秦始皇嬴政生父之谜的由来，司马迁在写这段历史的时候，距离嬴政出生已经有好几百年了，他到底是参考了什么书籍或者史料呢？或许这也是一个谜。
在没有其它公认的真实史料的证明，那么我们只好相信秦始皇的生父就是吕不韦了，毕竟司马迁不会随意采取不可信的说法。
首先，我们可以通过司马迁写的《史记·吕不韦列传》中了解到：“吕不韦取邯郸诸姬绝好善舞者与居，知有身。子楚从不韦饮，见而说之，因起为寿，请之。吕不韦怒，念业已破家为子楚，欲以钓奇，乃遂献其姬。姬自匿有身，至大期时，生子政。”大概意思就是说：吕不韦娶了邯郸一个善歌舞的女子，并让她怀了孕。有一次子楚和吕不韦一起饮酒，看见此女后非常喜欢，就站起来就对吕不韦说能不能把这个女子让给自己。吕不韦听后很生气，但是转念一想，已经为子楚花费了大量钱财，目的就快要达成，所以就献出了这个女子。此女隐瞒了自己怀孕的事，直到十二个月之后，生下了儿子取名为政。子楚就立此姬为夫人。
根据这个说法，赵姬当时怀的是吕不韦的孩子，隐瞒了这个事实后嫁给子楚并生下了秦始皇，所以秦始皇的亲生父亲应该是吕不韦。显然这样的说法是缺少“证据”的，并且就连司马迁自己都自相矛盾。因为他在《史记·秦始皇本纪》中还写到：“秦始皇帝者，秦庄襄王子也。庄襄王为秦质子于赵，见吕不韦姬，悦而取之，生始皇。以秦昭王四十八年正月生于邯郸。及生，名为政，姓赵氏。年十三岁，庄襄王死，政代立为秦王。”
上面这段话的意思就是说，秦始皇的父亲叫做异，被称作子异，就是公子异的意思。赢异是秦国的第三十三代国王，庄襄王是他死后的谥号，司马迁用的是追述的笔法，所以这样称呼他。而庄襄王在赵国做人质的时候，于吕不韦家遇见了赵姬，两人一见钟情，婚后生下了嬴政。这话说的简单明了，秦王嬴政就是子异的亲生儿子，根本就没有吕不韦什么事。
那么，司马迁为什么说话要自相矛盾？我们又该相信哪一种说法呢？其实答案就在上述的内容中，我们都知道，女人怀胎十月生子，司马迁却说赵姬是嫁给子楚12个月后生下的秦始皇。强行加上这两个月，怕秦始皇是个怪胎吧？那么如果赵姬在嫁给子楚前没有怀孕，12个月后才生下秦始皇，说明生下来的就是子楚自己的亲生骨肉啊！（除非赵姬跟子楚度蜜月期间，被吕不韦半路插足了）当然，这样可能性我们也是可以排除的。
一方面吕不韦是当时鼎鼎有名的大商人，在精打细算这一块不输给任何人，他明明知道子楚是“奇货可居”，而自己又处于事业的上升期，所以老谋深算的吕不韦将其视作投资对象，并且大把银子都已经花出去了，所以根本不可能再给自己整出什么幺蛾子；另一方面秦国早在2000年前，就通过商鞅变法，建成了中国历史上第一个法治国家。而吕不韦作为一个国际商人，自然对秦国的法律和制度烂熟于心，精明如吕不韦，绝不敢以身试法，稍有冒犯恐怕就是人头落地了。
因此，秦始皇生父是吕不韦的可能性几乎为零。既然如此，另外一种说法的可能性就大大提高了。在国外，有一本权威的史料是《剑桥中国秦汉史》，其中里面就对“秦始皇是私生子的问题”专门进行了阐述。说“至大期时，生子政。”这句话是后来一个不知其名的人加在《史记》中的，目的是诽谤秦始皇，借以说明他政治和出身的非正统性。"毕竟这样的事情，在中国古代历史上也不少发生，因此可信度非常的高。
本回答被网友采纳秦始皇的母亲是赵姬，《秦始皇本纪》和《吕不韦列传》里的记录有分歧，嬴政的父亲究竟是异人还是吕不韦，在正史野史中的争论仍在继续。
秦始皇他爸是秦庄襄王，可是还是有人怀疑他爸是吕不韦。
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