不会，只要不是辞退或被开除公职就不会。试用期属于双向协议，双方均同意取消协议，是双方自愿行为，这种自愿行为不受法律法规惩罚。
于试用期内申请取消录用如何办理手续问题：
1、在涉及国家秘密等特殊职位任职或者离开上述职位不满国家规定的脱密期限的；
2、重要公务尚未处理完毕，且须由本人继续处理的；
3、正在接受审计、纪律审查，或者涉嫌犯罪，司法程序尚未终结的；
4、法律、行政法规规定的其他不得辞去公职的情形。
若无以上情形，新录用公务员本人提出取消录用申请，说明合理理由，填写取消录用审批表，由所在乡镇党委签署意见后报县委组织部门审核，经市委组织部门审批同意后，发放取消录用通知书。取消录用材料记入个人档案。
扩展资料：
《新录用公务员试用期管理办法(试行)》关于公务员取消录用
第十五条 新录用公务员试用期满考核不合格的，取消录用。
第十六条 新录用公务员有下列情形之一的，应当取消录用：
(一)不履行或者不正确履行工作职责，工作严重失误或者给国家和人民群众的利益造成较大损失和不良影响的;
(二)在参加公务员录用考试的报名、考试、体检、考察等环节有严重违纪违规行为的;
(三)在参加国家法定考试中有严重违纪违规行为的;
(四)应当给予降级以上处分的;
(六)有公务员法规定的应予以辞退情形的;
(七)法律、法规规定的其他情形。
已经办理录用审批或者备案手续的人员，非因不可抗力因素未按规定时间报到的，取消录用。
第十七条 新录用公务员有公务员法第八十一条第(二)(三)(四)(五)款规定情形的，不得提出取消录用申请。
第十八条 新录用公务员有公务员法第八十四条规定情形的，不得取消录用。
第十九条 中央机关取消录用，由中央机关审批并报中央公务员主管部门备案;中央机关省级以下直属机构取消录用，由省级直属机构审批并报所属中央机关备案;地方各级机关取消录用，按省级公务员主管部门规定的办法进行审批或者备案。
第二十条 新录用公务员取消录用的时间，从作出取消录用决定之日起计算。招录机关应当在作出取消录用决定之日起的三十日内以书面形式将取消录用决定通知被取消录用人员。
第二十一条 新录用公务员被取消录用后，自批准之日的次月起停发工资。
第二十二条 新录用公务员取消录用后，在九十日内重新就业的，应当在就业单位报到后三十日内，按照干部人事档案转递的有关规定，将档案转至有关的组织人事部门保管;在九十日内未就业或者重新就业单位不具备保管条件的，按照流动人员人事档案管理的有关规定转递档案。
第二十三条 新录用公务员取消录用后，社会保险待遇按照有关规定执行。
第二十四条 新录用公务员对取消录用决定不服的，可以依照有关规定申请复核或者提出申诉。复核或者申诉期间不停止取消录用决定的执行。
参考资料：百度百科—公务员试用期
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单位已经同意不会影响后期公务员考试，但是在后期公务员报名考试时时有规定的，因此请慎重考虑！以下以云南省公务员考试为例提供公务员报考基本要求：
一、基本招录条件
(一)报考人员应具备的条件
1.具有中华人民共和国国籍;
2.拥护中华人民共和国宪法;
3.具有良好的品行;
4.具有正常履行职责的身体条件;
5.具有符合岗位要求的文化程度和工作能力;
6.具备拟报考岗位所需的其他条件。
(二)不符合报名条件的情形
1.试用期内的公务员;
2.云南省外的公务员(含聘任制公务员);
3.公务员未满在机关最低服务年限自行离职(无论是否办理辞职手续)的;
4.普通高校全日制在读的非2014年毕业生;
5.现役军人;
6.在全国范围内公务员招录中被确定为拟录用人员的;
7.公务员辞职、被辞退或被取消录用资格未满5年的;
8.曾因犯罪受过刑事处罚或正在被立案审查的人员;
9.曾在以往公务员录用考试中受禁考处罚尚在禁考时限内的人员;
10.曾被开除公职的人员;
11.具有法律规定不得录用为公务员的其他情形。
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如果没有最低服务期限，并且单位同意的，不会对以后的考试造成影响的
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