码头管理归哪个部门管

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港口码头行业管理部门是交通运输部和和各省市的交通厅港航局，日常作业管理是港口所在地海事局，行政管理是出资人选举产生的董事会，日常作业管理是董事会聘任的总经理班子，日常负责人最高的是董事长。

法律依据：
《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》
第九条地方各级人民政府行政机构的设立、撤销、合并或者变更规格、名称，由本级人民政府提出方案，经上一级人民政府机构编制管理机关审核后，报上一级人民政府批准；其中，县级以上地方各级人民政府行政机构的设立、撤销或者合并，还应当依法报本级人民代表大会常务委员会备案。
第十条地方各级人民政府行政机构职责相同或者相近的，原则上由一个行政机构承担。行政机构之间对职责划分有异议的，应当主动协商解决。协商一致的，报本级人民政府机构编制管理机关备案；协商不一致的，应当提请本级人民政府机构编制管理机关提出协调意见，由机构编制管理机关报本级人民政府决定。
第十一条地方各级人民政府设立议事协调机构，应当严格控制；可以交由现有机构承担职能的或者由现有机构进行协调可以解决问题的，不另设立议事协调机构。为办理一定时期内某项特定工作设立的议事协调机构，应当明确规定其撤销的条件和期限。
第十二条县级以上地方各级人民政府的议事协调机构不单独设立办事机构，具体工作由有关的行政机构承担。
第十三条地方各级人民政府行政机构根据工作需要和精干的原则，设立必要的内设机构。县级以上地方各级人民政府行政机构的内设机构的设立、撤销、合并或者变更规格、名称，由该行政机构报本级人民政府机构编制管理机关审批。