首先是建文帝这个人只能是一个文弱书生，他缺乏谋略，当一个守成之君，应该没问题。但是面对这些骄兵悍将的叔叔们，他的能力是驾驭不了。
建文元年七月初五(1399年8月6日)，明太祖第四子燕王朱棣起兵反叛侄儿建文帝朱允炆，战争持续三年。由于建文帝任用主帅不当，致使主力不断被歼。朱棣以燕京(今北京)为基地，适时出击，灵活运用策略，经几次大战消灭官军主力，最后乘胜进军，于建文四年六月十三(1402年7月13日)攻下帝都应天(今江苏南京)。建文帝失踪，朱棣登上帝位，是为明成祖。
一个戍守边塞，手握重兵的叔叔，突然有一天听说自己还在撒尿和泥的侄儿要把自己整死，你说他会怎么办？
朱允炆的性格非常温柔儒雅，自幼学习儒家经典。保受战乱，需要安定的新朝确实需要这样一位宽仁的帝王，民众才得以休养生息。他最大的政治成就，大概就是洪武二十九年，参考《礼经》，将《大明律》里的严刑峻法进行了一定删改，洪武三十一年，实施宽政。客观的说，对于老百姓来说，这是一个深得人心的好皇帝。
然而对老百姓宽仁，对自己的皇室宗亲，他却一点也不手软，而且非常理想化，认为自己是天子，削藩有理，于是就大张旗鼓的开始废除藩王。
对于周王、湘王、齐王、代王、岷王这些反应慢半拍，实力又不如中央政府的，收权还算顺利，但是对于燕王这样虎踞龙盘于北国边塞的大将，他也采用老办法。以为派几个封疆大吏过去宣宣旨就可以让一大票人束手就擒，未免过于天真不切实际。
建文元年一直到建文四年，朱允炆的中央军和朱棣的燕军最初的实力是不分高下的，而且还有像耿炳文、徐辉祖、铁铉这样忠勇可靠的将领在前线死守。四年中，两军其实一直是你进我退，互相钳制，有胜有负。然而正是因为差距不大，稍微有一步棋走错，便是万劫不复。
在指挥军队上，朱允炆就不是朱棣的对手了，他至少犯了两个错误，因为战事失利，就用李景隆换下善于防守的老将耿炳文，是为临阵换将，兵家之大忌。
建文四年，何福、平安率领的中央军在小河大胜燕军；而徐辉祖也在齐眉山获得大捷。燕军恐惧后计划北归。朱允炆误以为燕军已经北撤，召徐辉祖班师，致使何福孤军奋战。于是在灵璧之战中，燕军大胜。是为分兵减灶，兵家之大忌。
相比朱棣，朱允炆有一个很大的麻烦，为他效力的臣子，更多是为朝廷效力，吃的是官饭，除了个别君子，大多数都是打得赢就打，打不赢就降，大不了换个主子，挪个地方继续混饭吃，然而朱棣的军队，如果打不赢就只有死路一条，所以全部都得齐心协力，一心卖命。事实上，盛庸、李景隆、陈瑄这些曾经抗击燕军的朝廷要员，最后关头都是投敌变节。
相比起燕王装疯卖傻，秘密准备，先发制人的策略，朱允炆做什么都是光明正大的，可能在他认为堂堂朝廷，举国之力，治一个叛军是理所当然的，然而兵不厌诈，对于动辄就上万人的生死之战，他还是太缺乏了解。
朱允炆身边是方孝孺这样的迂腐文人，而朱棣身边是姚广孝这样的世外高人。几番交手，就知道定力和对策的高下了。
在当时的环境下，建文帝比朱棣唯一占优势的一点就是道义和法统，他毕竟是举国皆知的名正言顺的皇位继承人。然而，就是这仅有的法统的防线也被朱棣的诡诈轻易破除，叛军打着“清君侧”的旗号，至少表面上并没有反对法统。最主要是建文帝没有雄才大略。
