在柯南结局未出现之时，网上的消息不可信~！
不过既然你问了，就给你几个可能性比较大的人物
①我认为是贝里昂【代号】
因为香槟是世界酒中之王，如果说香槟就是BOSS的名字的话，那这个BOSS也太没品位了，所以应该是发明香槟的人贝里昂，还有一点，基安蒂曾经说过，“要不是那个人救了她（贝尔摩德），她早死了”BOSS救过她，显然，相同的贝字起了主要的作用。还有一点，关于BOSS在不在日本，那么很好解释，因为有一集BOSS给贝尔摩德发过短信，如果BOSS不在日本的话，那么就算是发日文，也是乱码，所以，从这里看出，BOSS在日本。
②首先列举证据的出处
（1） 309-311与黑暗组织的再会
（2） 345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件
（3） 394-396怪屋大冒险
（4） 425 Black impact ! 被组织的魔掌触碰的瞬间
证据出处已经列完，下面开始我的分析。
组织BOSS也称为“那个人”“那位先生”
1.BOSS的性别
这是毫无疑问了，是男性，从琴酒的“她是那个人的女人”这句话
（2）可得出此结论，“她”是贝尔摩的。
2.BOSS的年龄
①“看来我给你太多的自由了，马上回到我的身边来，贝尔摩的”（2），此话为短信内容。有此可以推断
BOSS是相当小心的人，不希望贝尔摩的到处惹事，并且他自己也有些寂寞，由此推断BOSS年龄偏大。
②“那个人很怕他”
（2），“他”指FBI赤井秀一，组织BOSS居然会怕此人，如果BOSS是老头，那他也不会怕赤井秀一，死就死，所以推断BOSS年龄偏小。
③由全剧情看，组织BOSS是个相当有威信的人，每个人都以死效忠，看来BOSS被大家所相信，年龄不大的人是无法有此威信，所以推断BOSS年龄偏大。综上述说述，BOSS的年龄范围应该是35-50岁之间。当然BOSS年龄具有不准确性。
3.BOSS的名字
BOSS的名字剧情里并没说，但我们可以推断出来。大家都知道，组织的成员都由酒来命名，所以组织为了团结，BOSS也应该是由酒名命名。既然是BOSS，他的酒名也就自然不一般了，一定是酒中之王。据资料表示，世界公认的酒中之王是“CHAMPAGNE”也就是“香槟”，在日本就发“香槟”的读音。这么说香槟就是BOSS的名字了？这BOSS也太没品位了。不过我们可以换个角度看，既然是BOSS，自然也应该有不同于普通成员之处，如果他不用酒名，而用酒的发明者的名字，不是更特殊吗？如果用香槟发明者的名字，不就是王中之王？那我们来看一下，最早香槟发明者是DOM PERIGNON，有“葡萄酒之父”之称，将他名字翻译后，就是“贝里昂”。那么结果就出来了，这名字是不是很有味道，而且还有一个特殊地方，他与他宠爱的女人“贝尔摩的”都有一个“贝”字，是巧合还是另有原因？“要不是那个人救了她（贝尔摩的），她早死了”
（4）组织里的阻击手基安蒂是这样说的。显然，BOSS曾经救过贝尔摩的，如此一个可怕人物竟然会救组织里的成员，并喜欢上她，相同“贝”字在此方面一定起了作用。所以，BOSS的名字极有可能就叫“贝里昂”
4.BOSS的相貌。
这个是不好猜，一定很酷，服装嘛既然是黑衣组织，
那肯定一般情况就穿黑衣了。
5.BOSS现在身在何处？
答案是可以肯定的，就在日本。“看来我给你太多的自由了，马上回到我的身边来，贝尔摩的”
（2）此话为短信内容，注意了，输的字是日文！由于各国地区的手机支持语言不同（但通用字母），要发日文只有在日本本土，如果在其他地区，即使你手机能发日文，发进日本后也只是乱码。所以BOSS在日本。
6.BOSS财力问题
组织要进行如此大的药物研究，没有庞大的资金保障是无法进行的，所以BOSS很有可能有一个大型公司或大财团。
“我还以为他是贩卖军火的，阻击枪、来福....”
（2），此话是FBI赤井秀一说的，“他”指卡尔瓦多斯，组织的阻击手。此话可看出卡尔瓦多斯有很多武器，如此多武器从何而来，没有巨额的钱是无法买来，所以也间接说明组织很有钱，BOSS有大量资金。
找这些很累的~！！！！！给我最佳答案啊
不过既然你问了，就给你几个可能性比较大的人物
①我认为是贝里昂【代号】
因为香槟是世界酒中之王，如果说香槟就是BOSS的名字的话，那这个BOSS也太没品位了，所以应该是发明香槟的人贝里昂，还有一点，基安蒂曾经说过，“要不是那个人救了她（贝尔摩德），她早死了”BOSS救过她，显然，相同的贝字起了主要的作用。还有一点，关于BOSS在不在日本，那么很好解释，因为有一集BOSS给贝尔摩德发过短信，如果BOSS不在日本的话，那么就算是发日文，也是乱码，所以，从这里看出，BOSS在日本。
②首先列举证据的出处
（1） 309-311与黑暗组织的再会
（2） 345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件
（3） 394-396怪屋大冒险
（4） 425 Black impact ! 被组织的魔掌触碰的瞬间
证据出处已经列完，下面开始我的分析。
组织BOSS也称为“那个人”“那位先生”
1.BOSS的性别
这是毫无疑问了，是男性，从琴酒的“她是那个人的女人”这句话
（2）可得出此结论，“她”是贝尔摩的。
2.BOSS的年龄
①“看来我给你太多的自由了，马上回到我的身边来，贝尔摩的”（2），此话为短信内容。有此可以推断
BOSS是相当小心的人，不希望贝尔摩的到处惹事，并且他自己也有些寂寞，由此推断BOSS年龄偏大。
②“那个人很怕他”
（2），“他”指FBI赤井秀一，组织BOSS居然会怕此人，如果BOSS是老头，那他也不会怕赤井秀一，死就死，所以推断BOSS年龄偏小。
③由全剧情看，组织BOSS是个相当有威信的人，每个人都以死效忠，看来BOSS被大家所相信，年龄不大的人是无法有此威信，所以推断BOSS年龄偏大。综上述说述，BOSS的年龄范围应该是35-50岁之间。当然BOSS年龄具有不准确性。
3.BOSS的名字
BOSS的名字剧情里并没说，但我们可以推断出来。大家都知道，组织的成员都由酒来命名，所以组织为了团结，BOSS也应该是由酒名命名。既然是BOSS，他的酒名也就自然不一般了，一定是酒中之王。据资料表示，世界公认的酒中之王是“CHAMPAGNE”也就是“香槟”，在日本就发“香槟”的读音。这么说香槟就是BOSS的名字了？这BOSS也太没品位了。不过我们可以换个角度看，既然是BOSS，自然也应该有不同于普通成员之处，如果他不用酒名，而用酒的发明者的名字，不是更特殊吗？如果用香槟发明者的名字，不就是王中之王？那我们来看一下，最早香槟发明者是DOM PERIGNON，有“葡萄酒之父”之称，将他名字翻译后，就是“贝里昂”。那么结果就出来了，这名字是不是很有味道，而且还有一个特殊地方，他与他宠爱的女人“贝尔摩的”都有一个“贝”字，是巧合还是另有原因？“要不是那个人救了她（贝尔摩的），她早死了”
（4）组织里的阻击手基安蒂是这样说的。显然，BOSS曾经救过贝尔摩的，如此一个可怕人物竟然会救组织里的成员，并喜欢上她，相同“贝”字在此方面一定起了作用。所以，BOSS的名字极有可能就叫“贝里昂”
4.BOSS的相貌。
这个是不好猜，一定很酷，服装嘛既然是黑衣组织，
那肯定一般情况就穿黑衣了。
5.BOSS现在身在何处？
答案是可以肯定的，就在日本。“看来我给你太多的自由了，马上回到我的身边来，贝尔摩的”
（2）此话为短信内容，注意了，输的字是日文！由于各国地区的手机支持语言不同（但通用字母），要发日文只有在日本本土，如果在其他地区，即使你手机能发日文，发进日本后也只是乱码。所以BOSS在日本。
6.BOSS财力问题
组织要进行如此大的药物研究，没有庞大的资金保障是无法进行的，所以BOSS很有可能有一个大型公司或大财团。
“我还以为他是贩卖军火的，阻击枪、来福....”
（2），此话是FBI赤井秀一说的，“他”指卡尔瓦多斯，组织的阻击手。此话可看出卡尔瓦多斯有很多武器，如此多武器从何而来，没有巨额的钱是无法买来，所以也间接说明组织很有钱，BOSS有大量资金。
找这些很累的~！！！！！给我最佳答案啊
温馨提示：内容为网友见解，仅供参考
第1个回答 2010-03-23
现在还没知道，青山刚昌没有说明，但我觉得是阿笠博士和黑羽盗一两人之一。
详细的看百科：http://baike.baidu.com/view/26576.htm?fr=ala0_1_1
详细的看百科：http://baike.baidu.com/view/26576.htm?fr=ala0_1_1
第2个回答 2010-03-23
网上广为流传的是阿笠博士才是背后BOSS，此言是捏造不可信的、至此青山尚未明确表示、
第3个回答 2010-03-23
要是知道了就不好看了
既然是喜欢的
那就耐心等待罗
既然是喜欢的
那就耐心等待罗
第4个回答 2010-03-23
博士是坏人。。毛利是超人
还有，柯南的解药，竟然是爱的力量
青山刚昌终于透露了柯南结局
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’。
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
柯南结局498话（2小时半特辑）内容完全披露 感人
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国**也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。 “终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。” 他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。新一听见步美的声音：“再见了，柯南同学."
还有，柯南的解药，竟然是爱的力量
青山刚昌终于透露了柯南结局
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’。
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
柯南结局498话（2小时半特辑）内容完全披露 感人
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国**也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。 “终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。” 他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。新一听见步美的声音：“再见了，柯南同学."
第5个回答 2010-03-23
是阿笠博士 我非常确定 因为我同学看过 有跟我说o~~
名侦探柯南 黑暗组织的幕后黑手是阿笠博士?
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。 工藤优作以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一 ，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的...
《名侦探柯南》黑衣组织的最大叛徒是谁?
我个人认为是琴酒理由如下：第一次 这位黑社会手下亡魂不少，最多的就是组织叛徒，事实上只要有威胁到新一的人他也通通出手解决。首先第一位是皮斯克，才刚知道灰原哀是雪莉变身的时候，根本没时间去跟组织汇报就成了琴酒的刺杀对象。第二次 第二位则是爱尔兰，柯南身份曝光后，琴酒即刻下令让基安蒂射...
名侦探柯南中黑暗组织的幕后黑手是谁
青山 刚昌（柯南的作者）已经给大家提示了,不过因为太为晦涩所以没几个人看出来.其实阿笠这两个字,如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写是拉丁文里面的,莫里亚蒂（了解福尔摩斯一书的人都应该知道是谁）.所以阿立博士其实应该叫莫里亚蒂教授 这个应该有说服力吧 解释一下，莫里亚蒂教授 在《福尔摩斯》里...
有人说名侦探柯南里黑暗組織的幕后黑手是阿笠博士?
你们都被坏人的伪装欺骗了。 其实黑衣人的真正首脑，就是一直隐藏在柯兰他们身边的阿笠博士。DOC，LEE 不明白了吧，其实我一直以为是毛利叔叔的(虽然我很崇拜他)但是那天和柯南赌气，细心分析后我突然发现，原来真正的凶手竟然是憨厚的阿笠博士，可能有人早有怀疑，为什么黑衣组织一直没有找毛利家的...
名侦探柯南的黑暗组织的真正幕后黑手是谁 ?
之前有人猜的是阿笠博士，还列出了种种所谓的证据，可能吧，73老师也说了最后的boss是之前出场的人物之一，还是等吧
名侦探柯南黑衣组织BOSS是谁
我们不能单从表面做出解释，而应该还有其他暗示，例如：乌鸦——黑色的鸟——黑色羽毛——黑羽——黑羽盗一。尽管这样还不完全可以证明黑羽盗一就是组织BOSS，但至少可以证明：如果组织BOSS真的是“七骑士”中的人的话，那么黑羽盗一是铁定脱不了关系——毕竟在歌名中，黑羽盗一比“七骑士”中的其他...
《名侦探柯南》里的幕后黑手是谁啊?
很多人认为黑羽盗一是黑衣组织的首领：在工藤新一NY事件中，我们得知有希子和贝尔摩德是在一个著名日本魔术师手下成为同门师姐妹，这个魔术师教会了她们化妆术，并多交了贝尔摩德一项技艺：变声。所以当沙龙（即贝尔摩德）成功地化妆为警长替有希子解了围。这样一个会变声的魔术师是谁？难道不是黑羽盗一...
柯南里黑衣组织的终极BOSS是谁啊?有人说是阿笠博士诶、求大神帮助_百度...
黑衣组织的幕后黑手其实已在《名侦探柯南》播放至今的所有人物中出现过。不过我听说很多FANS猜是阿笠博士，哈哈，不对哦~在《名侦探柯南》结局的创作上，我也曾经思考多次，最后还是去除一些角色，因为这部动画的受众不单单是小学生了，所以最终伤亡惨烈的结局，我想是能够让大家接受的。 从这次采访中...
谁知道名侦探柯南中黑暗组织BOSS,求证明,求依据
《柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的 庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了 其活动，黑暗组织决定报复。黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工 藤新一独自前往营救的暗示。在黑暗组织...
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