1、通灵术修炼（54集~57集）
剧情简介：新的一天已经开始，迫不及待的鸣人开始新一轮的修炼，而自来也是一名不可多得的好老师，他针对鸣人体内拥有强大查克拉的特质，为鸣人设定了属于鸣人自己的训练方式，并且决定将通灵之术传授给鸣人。
2、螺旋丸修炼（86集~94集）
剧情简介：火影位置空缺，自来也带鸣人寻找纲手，纲手一开始瞧不起鸣人，对鸣人成为火影的理想感到可笑，之后与鸣人约定，要是鸣人三天内学会螺旋丸，就把项链给他，鸣人为实现约定而努力修炼螺旋丸。
3、随自来也出去修炼（220集，至此火影忍者动画第一部正式结束）
剧情简介：修行的是时间过得很快，木叶丸他们终于成为了可以执行任务的小组了，虽然冒冒失失，莽莽撞撞，但是总算把任务完成了，不过木叶丸和当年的鸣人真的好像啊，一上场就要求执行更复杂的任务。不过，这么长时间了，鸣人和自来也的修行终于结束了...
4、风遁螺旋手里剑修炼（275集~308集）
剧情简介：卡卡西验出了鸣人的风属性，之后鸣人找同是风属性的阿斯玛为鸣人示范了风性质的查克拉刀，得到指导的鸣人，很快的活用影分身的特性而累积了经验。鸣人借着影分身修炼法，花了两天学会“性质变化”。便开始修行自新忍术...
5、仙人模式修炼（374集~381集）
剧情简介：为了替自来也报仇，他决定接受深作大人的提议，前往自来也曾修行的仙地“妙木山”，作艰苦的仙术训练。训练期间，鸣人多次差点变成石蛙，幸得深作大人用术阻止，不过鸣人却也满身是伤。经过一番修行，鸣人总算是基本掌握了自然力量，故深作大人便要他开始转为不用蛤蟆油的练习，同时也给了鸣人自来也的遗作──“超骨气忍传”。
6、九尾模式修炼（463集~467集）
剧情简介：在木叶和同盟国的安排下，鸣人抵达一座孤岛，与八尾人柱力杀人蜂会合，展开训练（其实是将两人与战斗隔离）。后来鸣人在真实之瀑中面对过去未发现的黑暗自我，初次对决结果是完全不分胜负，但若不战胜黑暗自我，就绝对敌不过九尾的邪恶意志，在听闻过去杀人蜂和基之间的故事后，有所体悟的鸣人在真实之瀑成功挑战黑暗的自我，杀人蜂亦允诺协助鸣人进行九尾控制训练。
