给环境造成的污染是至关重要的负面影响。70%左右没有被利用的化肥,尤其是氮素化肥被雨水灌溉水冲走。地表水,地下水硝酸盐含量积累直接影响人们的身体健康。中国农科院土肥所对某一地区14个县市69个点调查,大量施用化肥、氮肥污染地下水、饮用水,半数以上饮用水的硝酸盐含量超过最大允许量50mg/L ,高者达300mg/L。江河湖海富营养化,使水域生态失去平衡。太湖水体污染,富营养化中23%的氮素来自农田流失,水产品也遭到污染。大气环境更是被人们关注,施入土壤中的氮素化肥,有三分之一以氨及氧化氮形态进入大气,氧化氮能破坏臭氧层,人和动物遭受来自宇宙和太阳的过量紫外线和其它短波辐射,并产生温室效应。这温室效应可造成干旱,洪涝灾害的泛滥,使大气中氨通量增加,对大气化学构成、土壤酸化植被更替,森林面积减少衰退等生态问题都有影响。
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