三方协议的违约金到底有没有法律效应？

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三方协议有法律效应的。
对个人来说，签了三方协议，持报到证到就业单位签署劳动合同后，开始计算工龄，就业单位可以给个人缴纳各项保险，并在就业单位当地落户。就接收单位而言，企业与个人签订三方协议，也就意味着可以接收毕业生档案，并保障学生的上述权利。
三方协议一旦签订之后任何一方不得擅自解除，否则违约方应向权利受损方支付协议条款所规定的违约金，从实际情况来看，违约方多是毕业生。一旦违约，除本人应承担违约责任，还要支付违约金，因此毕业生需谨慎。
一般来说，一位毕业生只有一份三方协议，如果签订后违约必须与原单位协商后要回协议，退还学校换取新的协议。如果不能换回新的三方协议重新签订，将可能影响毕业派遣，对自身最终就业产生影响。