肿瘤免疫浸润知多少？8+纯生信告诉你

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本文探讨了乳头状甲状腺癌的免疫景观，揭示了独特的肿瘤免疫原性和其对免疫治疗的意义。研究背景显示，尽管大多数乳头状甲状腺癌患者对常规治疗有良好预后，但部分晚期患者仍面临复发和转移挑战。鉴于免疫检查点阻断疗法在晚期癌症中取得的成功，本文旨在深入研究乳头状甲状腺癌的免疫特征及其在预后和免疫治疗策略中的潜在价值。

研究通过下载免疫相关基因（IRGs）数据，利用芯片数据集进行分析，以评估肿瘤微环境中的免疫细胞和基质细胞浸润水平。通过ESTIMATE和xCell方法，研究发现免疫细胞浸润高于基质细胞，且xCell评估揭示了不同免疫细胞之间的复杂关系。进一步，通过WGCNA网络筛选出PTC特异性模块基因，以及利用差异表达分析筛选差异IRGs，最终确定了307个PTC特异性IRGs。PCA分析表明，这些基因的表达矩阵将PTC样本与正常样本明显分为两类。

研究发现，PTC中存在两种不同的免疫簇，C2簇的免疫活性更高，显著改变了“适应性免疫反应”途径。热图显示了两个免疫簇在临床病理特征、免疫检查点、细胞溶解活性和IFN-γ特征上的差异。TIDE算法预测了免疫治疗反应，结果显示C2组的应答者比例显著增加。此外，NMF聚类分析揭示了巨噬细胞M2在不同免疫簇中的比例差异，且C2组的T细胞浸润评分明显升高。

研究进一步分析了乳头状甲状腺癌的变异亚型间的突变景观和免疫特征，发现BRAF突变是三个变异亚型的唯一重叠突变，并且免疫评分随着突变的恶性程度增加。通过随机森林算法筛选出与变异亚型最相关的PTC特异性IRGs，并在GSE27155中验证了这些基因对变异亚型的区分能力。此外，通过构建免疫相关风险评分（IRS）模型，研究者识别了与预后相关的基因组改变及通路改变，发现IRS-高分组的样本中免疫检查点表达升高，而IRS-低分组的样本中观察到更多共现突变和差异表达基因。

本文采用了一系列生物信息学和机器学习方法，评估了乳头状甲状腺癌的免疫治疗意义，并构建预后免疫相关特征。通过对不同组织学变异和风险队列的分析，研究揭示了免疫和突变特征的差异及其相关性，为指导免疫检查点阻断治疗决策提供了线索。研究内容丰富，分析思路易于模仿，为乳头状甲状腺癌的免疫治疗提供了有价值的见解。