美格基因·项目文章 | 使用PhaGCN2对病毒基因组片段进行快速分类

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姜敬哲研究员团队在国际知名期刊BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS（IF=13.994）上发表了他们与多个研究机构合作开发的新病毒序列分类工具——PhaGCN2。这个创新工具实现了对病毒基因组片段的快速、精准分类，相较于vConTACT2、CAT和VPF-Class等现有工具，PhaGCN2在病毒分类的准确度和召回率上表现出显著优势。在GOV2.0数据库的实验中，PhaGCN2成功将病毒序列数量提升了4倍，推动了国际病毒分类委员会的高通量自动扩充病毒数据库的设想。

PhaGCN2主要通过自动识别新科和使用Prodigal构建蛋白数据库，提升其性能。与vConTACT2、CAT和VPF-Class的对比结果显示，PhaGCN2在准确性和召回率上占据优势，尤其在处理大量数据时，如对1700个人类肠道DNA病毒基因组的预测和对GPD和GOV2.0数据库的分析，显示出其在病毒科水平分类的潜力。然而，对于RNA病毒的分类，PhaGCN2仍有待优化，未来的研究方向将包括增强对RNA病毒的分类准确度。

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