游戏一开始，玩家先选择男／女主角，再替主角命名。
一开始主角会处于沙拉镇家中的二楼，首先，开启房间内的电脑，从电脑中取出一颗好伤药( 补血的道具 )以便不时之需。然後出家门，向上走到草堆，遇见大木博士，他会带您到研究所，然後请从桌上选择神奇宝贝 ( 三选一 ) 。选完後，小茂会选择克你属性的神奇宝贝，并中途把你拦下，跟他对战。打赢之後，走出研究所，再往北方走到道吉市，到商店取得包裹。回到沙拉镇，去研究所跟大木博士说话，他会给你神奇宝贝图鉴。跟小茂的姊姊 ( 右上方民宅 ) 说话，会给你地图。
在往上走1号路到上方的道吉市，然後向西边的22号道路走，会遇见小茂，和他对战。得胜后折回道吉市，
往上走，与途中的老伯谈话会教你捕捉神奇宝贝，并送你小型电视机。再往上走2号路到达道吉森林...
道吉森林内有许多的虫系神奇宝贝，运气好的话可以遇到皮卡丘，之後你会到达比尼市。
到达了比尼市，先去打道馆吧！这关道馆是岩石系的。
GYM 1
道主：小刚
使用属性：岩石系
小拳石 Lv.12
大岩蛇 Lv.14
到此镇右方，遇见一名博士，获得跑步鞋 ( B+方向键 )。
往右边走3号路，中途有些训练家，打败他们吧！
到达奥西米山...
奥西米山内侧可以获得一些道具，也会有许多训练家，小心！
到达最内侧後，有火箭队集团出没，之後打赢最里面的一个训练家，可以拿化石 ( 左边是化石盔，右边是菊石兽 ) 。
出了奥西米山洞窟，再向东走4号路，到那达市（车行），先提升等级，去挑战第二个道馆。
GYM 2
道主：小霞
使用属性：水系
海星星 Lv.18
宝石海星 Lv.21
挑战道馆胜利後，往那达市上方的桥，遇见小茂，打倒後可获得Voice Checker。（那达洞穴：超梦）
小茂：
比比鸟 Lv.17
克你的神奇宝贝 Lv.18
凯西 Lv.16
小拉达 Lv.15
之後继续上桥，击倒桥上的训练家，在最後一个人手上取得( 金球 ) ...原来是火箭队装扮成训练家的模样，之後转右走25号路到尽头，进入一座小屋，和屋内的皮皮说话，再操作电脑以帮助皮皮恢复成人类的模样，他会给你( 船票 ) 。
接著，经过那达市的右上方被破坏的屋子，打倒火箭队，可得到技能机28 ( 挖洞 ) 。继续往下走5号路，中途有饲育屋，可饲养神奇宝贝，需要花钱。往地下通道走，走出後到达6号道路，往下走到库吉市。
库吉市中，神奇宝贝中心左边的屋子，有个人会给你( 破烂钓竿 ) 。
在神奇宝贝中心内跟柜台前的女士说话，会得到( Battle Searcher ) 。
到道馆上方的神奇宝贝俱乐部，跟大叔说话拿( 交换卷 ) ，回到那达市的脚踏车店可换取( 脚踏车 ) 。
去港口乘坐修依罗船吧！
走到二楼的尽头，与宿敌小茂对战。
之後去船长房间拿秘传机01 ( 聚合斩 ) 。
离开船，船便会开走...
拿到聚合斩以後就可以到此城镇的道馆。
调查附近垃圾桶的反应，连续两次选中道馆中藏有开关的垃圾桶，才能打开电磁门。
GYM 3
场主：马志士
使用属性：电系
雷电球 Lv.21
皮卡丘 Lv.18
雷丘 Lv.24
打完後到城镇上方跟一名研究员说话，然後去捕捉至少十只不同种的神奇宝贝，然後通过港口右方的地鼠洞穴，出去後往下走到一间大屋，问一名研究员拿秘传机05 ( 闪光 ) 。
回到那达市，将东边的树砍倒，到达最东边，有一个神奇宝贝中心，旁边是黑暗洞窟（依亚隧道）。而下方是无人发电厂，等学会了冲浪再进去，里面有闪电鸟。
进入黑暗洞窟用05 ( 闪光 ) 来照亮。
通过黑暗洞窟，向南走10号路，到达西奥镇，此镇有一栋很大的幽灵塔，先别进去，向西走8号路，穿越一间有地下道的屋子，之後7号路可到达西市。
达西市有一间大型百货公司，可以购得许多重要的道具。另外，进入游乐场上方的建筑物，与老奶奶说话可获得茶，便可进入东边的山野市！
注意，达西市有一栋大厦有後门，进入并上至顶楼可以获得伊布！
先别急著去山野市，赶紧先处理火箭队事件吧！
到城镇里的游乐场，里面有很多人玩在游戏机，走到右上，发现有一位火箭队成员正在注视墙上的海报，跟他说话後与他战斗，战斗完後调查海报，开启秘密通道。
进入後跑到地下四楼，与左上方的火箭队成员战斗，战斗完後他会给你电梯锁匙，回地下二楼，通过方向地板到达对面，到达对面後，乘坐电梯到地下四楼，与门口的两名火箭队成员战斗，大门打开了，与里面的坂木老大展开决斗，获胜後，捡起地上的( 透视镜 ) ，以进入西奥镇幽灵塔之用。
乘坐电梯回到地下一楼，与最後两名火箭队团员战斗。离开游乐场，此时道馆门前已经没有人挡住，可进入去挑战了！
GYM 4
场主：莉佳
使用属性：草系
大食花 Lv.29
蔓藤怪 Lv.24
霸王花 Lv.29
获胜後，到西奥镇的幽灵塔，目的是为了消灭塔顶端的嘎拉嘎拉，以获得神奇宝贝之笛唤醒卡比兽。进入幽灵塔的二楼，会遇见小茂，进入战斗！
小茂：
比比鸟 Lv.25
凯蒂狗 Lv.23
勇吉拉 Lv.20
克你的精灵 Lv.25 xxxxx
蛋蛋 Lv.22
到达顶楼的楼梯前，遇到伪装的嘎拉嘎拉，消灭或捕捉嘎拉嘎拉後，继续爬楼梯，与几批火箭队成员对战後，与老伯说话。
突然你会回到他家，再一次与他谈话，获得(神奇宝贝之笛)，现在你可以用它来唤醒分别挡在12号路及16号路的两只卡比兽。如果在战斗中使用神奇宝贝之笛的话，双方的神奇宝贝均可以解除睡眠状态喔！( 往12号道路地方的房子里可得到高级钓竿) 。
捕捉挡在16号道路的卡比兽後，在上面使用聚合斩，到16号道路的屋子，与一位女孩取得秘传机02(飞行)！
接著沿路走到单车跑道，在这之前，请确认你身上已经有脚踏车。沿著单车跑道的斜坡滑下去18号路，很快地便到达了沙吉市！
沙吉市的第五道馆里，有一些白色点的障碍物，请仔细地睁大眼睛看清楚喔！
GYM 5
场主：阿桔
使用属性：毒系
瓦斯弹 Lv.37X2
臭泥 Lv.39
双弹瓦斯 Lv.43
战斗完後，使用聚合斩，到最北边的建筑物，可进入野生园野区。进入这里你可以见到很多稀有的神奇宝贝，但是每次进入时，必须要付500圆喔！而且每次只能在园内移动六百步，超过六百步便会强制离开。但是，进入野生园野区的主要目的其实是为了来找寻秘传机03(冲浪)及(假牙)，以换取秘传机04(怪力)。建议玩家多来几次熟习环境，因为野生园野区的地形相当复杂喔！ 拿到(假牙)後，到沙吉市神奇宝贝中心右方的屋内，跟老伯说话，便可得到秘传机04(怪力)！飞回山野市後，进入一眼望去最大座的(西罗公司)，关键是拿到钥匙，钥匙在五楼南方的窄道！拿到锁匙之後，到三楼用锁匙打开左方的房间，踏上传送地板，到七楼与小茂会面，对战！
小茂：
比雕 Lv.37
蛋蛋 Lv.35
凯蒂狗 Lv.38
克你的精灵 Lv.40
胡地 Lv.35
战胜後，跟下面的男生说话可获得乘龙！
踏上传送地板到十一楼，准备与坂木老大决斗吧！
战胜後，询问坐在沙发上的老伯可获得天王球，这颗球可百分之百的机率成功捕捉任何神奇宝贝，而且世界上仅存一颗喔！非常珍贵！
离开後，到神奇宝贝中心医疗，然後山野市最右下的屋内可得到招式机29 ( 精神念力 ) ，接著去挑战道馆吧！进入场馆後，踏传送地板，以逆时针方向踏即可到场主面前。
GYM 6
场主：娜姿
使用属性：超能力系
勇吉拉 Lv.38
吸盘魔偶 Lv.37
胡地 Lv.43
末入蛾 Lv.38
打败道馆後，前往库林岛吧！用飞行前往至沙拉镇，向南方游泳，到达库林岛。
上岸後，可以先到神奇宝贝中心医疗一下，并使用飞行至比尼市，走到城市的右上方，使用聚合斩，进入科学技术馆的另一头。进入科学技术馆後，跟站在化石旁的研究员谈话，可得到化石翼龙的化石。
然後，回到库林岛，进入左下方的研究所内最右底的房间，和研究员谈话，选择你要孵化的一颗化石後，出去，再入房，再询问那个研究员可得到你要的化石神奇宝贝，照这样的方式以此类推，两只化石神奇宝贝就入手罗！
接著，到道馆左边的废弃空屋拿道馆的锁匙。玩家必须利用雕像的开关，打开每一间房子！到达某层楼的下方，往左边的断崖跳下去，下去楼梯，继续调查雕像的开关，道馆锁匙就在左上角房子的桌子上！
拿到道馆钥匙後离开，并且正式迎接道主夏伯的挑战！特别的是，这家道馆可以不需与每个手下战斗，只要答对每关墙上某个装置的问题便可通过，但是答错就必须强制战斗喔！
第一关卡：?? ( 是 )
第二关卡：??? ( 否 )
第三关卡：??? ( 否 )
第四关卡：??? ( 否 )
第五关卡：?? ( 是 )
第六关卡：??? ( 否 )
GYM 7
场主：夏伯
使用属性：火系
凯蒂狗 Lv.42
小火马 Lv.40
烈焰马 Lv.42
风速狗 Lv.47
橘子群岛篇！
玩家会发觉，走出道馆後，你便会被一个叫???的人带上船，并且到达谜之岛屿~橘子群岛。这个人会顺便带你到神奇宝贝中心医疗，并且会给你更新图鉴及地图。
由於他们俩遗失了一个重要的电脑配件，所以导致这三个群岛上的神奇宝贝中心电脑不能使用，所以，玩家暂时还无法在这三个群岛中使用电脑喔！
这个世界共有七个岛屿，野生神奇宝贝的等级也提升了许多，更加重要的是可补捉火焰鸟喔！
首先，使用冲浪，游到上方陆地的一个温泉山洞，跟山洞里最上方的老伯谈话，得到秘传机06 ( 碎石 ) ，
可以破开一些棕色碎石。接著使用冲浪继续往上游，到最上的小岛，火焰鸟就在里头，里面跃跃欲试的训练家似乎也急著想找出火焰鸟的踪迹呢！
捕捉成功後，回到城镇，准备向第二群岛出发罗！到达第二群岛上岸之後，到最右方的房子内，跟一名跑来跑去的男子说话，他会要求你去第三群岛的森林拯救他的女儿。接下来，就请玩家乘船到第三群岛，到达第三群岛後，这时阻挡在路中正在欺负居民的这群飞车党会与主角决斗，决斗完後，飞车党离开了。
然後，继续前进往左转，进入( 木之果实森林 ) 之後，在最深处的草堆可以找到小女孩，与她说话後，此时素利柏突然出现！成功救出女孩後，你会回到第二群岛那里，再跟那位男子说话後，可得到配件！返回第一群岛，与正辉说话後任务便成功了！
最後，你将会返回库林岛，继续前往完成第八徽章与挑战四天王的目标吧！这时候，你可以从库吉市的港口乘坐修依罗号船来回橘子群岛。回到道吉市，第八间道馆可以进入罗！
GYM 8
场主：坂木
使用属性：地面系
铁甲犀牛 Lv.45
三地鼠 v.42
尼美后 Lv.44
尼多王 Lv.45
铁甲犀牛 Lv.50
之後去神奇宝贝中心医疗，然後就可以去挑战四天王。从道吉市左方22号道路前进，遇见宿敌小茂，展开战斗。
小茂：
比雕 Lv.47
克你的神奇宝贝 Lv.53
凯蒂狗 v.45
蛋蛋 Lv.45
胡地 Lv.47
铁甲犀牛 Lv.45
战斗完後继续前进 ，进入一座红色建筑物，沿路前进，中途有很多守卫检查你的徽章。经过游水後，你会进入一个山洞，此山洞的重点是，你必须要推动石块掩盖住白色的开关，打通每一条路，并且把石块推入某个洞口，再跳入洞口 ( 仔细检查每个白色开关是否有启动喔 )。运用你的智慧吧，加油！过完此山洞就到达(石英高原) ！
到达( 石英高原 ) 後，四天王就在眼前不远的地方了，进去神奇宝贝中心医疗後，记得买多些补血道具喔！
第一位天王( 康娜 )
使用属性：水系
建议你使用雷系克制
lv52 白海狮
lv52 呆呆兽
lv54 乘龙
lv54 迷唇姐
lv51 铁甲贝
第二位天王( 希巴 )
使用属性：岩石系 ＋ 格斗系
建议你使用水系／草系／飞行系／超能力系克制
lv51 大岩蛇
lv53 艾比郎
lv56 怪力
lv53 沙瓦郎
lv54 大岩蛇
第三位天王 ( 菊子 )
天王使用属性：幽灵系 ＋ 邪恶系 ＋ 毒系你使用超能力系克制
lv54 耿鬼
lv54 大嘴蝠
lv56 阿柏怪
lv58 耿鬼
lv53 鬼斯通
第四位天王
天王使用属性：龙系
建议你使用龙系克制
lv56 暴鲤龙
lv58 化石翼龙
lv54 哈克龙
lv54 哈克龙
lv60 快龙
联盟冠军 ( 小茂 )
lv59 比雕
lv59 铁甲暴龙
lv57 胡地
注意！接下来小茂选择的三只神奇宝贝会因玩家开头所选择的神奇宝贝而有变化：
A.小火龙：风速狗.椰蛋树.水箭龟
B.杰尼龟：暴鲤龙.风速狗.妙蛙花
C.妙蛙种子：椰蛋树.暴鲤龙.喷火龙
到达橘子四、五、六、七群岛的条件
A . 已经捕捉到六十只神奇宝贝，然後找大木博士去升级图鉴
B . 此时，四天王暂时还无法进去挑战，因为四天王缺少了一位成员？！
C . 到库吉市坐船，往第一群岛的神奇宝贝中心，跟右方机器的男士说话
D . 进入之前捕捉火焰鸟的山顶，然後在右方寻找两名火箭队成员的踪影，战斗完後进入洞穴，寻找一颗( 红宝石 ) ，里面会出现金银版神奇宝贝！到深处会发现很多排点字的遗迹，然後再下楼梯，拿走红宝石。
完全达到以上所叙述的条件之後，回去找上述所提到的男士说话，即可到第一群岛的港口坐船，前往第四、五、六、七群岛喔！完成！
第四、五群岛属第三个区域
第六、七群岛属第四个区域；来往每个区域时，都必须要到港口去坐船，在同一区域内可用飞行来往。
在橘子第四、五、六、七群岛中，玩家会多次遇上宿敌小茂，但不用战斗。最令人玩家兴奋的，这里有野生的金银版神奇宝贝出现。另外，岛上的训练家大部分都是使用金银版神奇宝贝，而且等级都相当高喔！要特别注意！
捕捉超梦的方法
玩家坐船到第四群岛後，在最右边冰洞里得到秘传机07 ( 爬瀑 ) ，途中有采破冰以及滑冰喔。之後从一开始洞口进来的瀑布爬上去，发现有个洞後进去，见四天王之一的康娜及火箭队组织，与火箭队对战救出科拿。然後，乘船到第六群岛，
到达第六群岛後，到最南边山顶，在点字遗迹前面使用01 ( 聚合斩 ) 打开秘道。进去秘道之後，往前方的洞跳下去；跳上方的洞；接著跳左边的洞；然後跳右边的洞；跳下面的洞；发现蓝宝石，但是却被一位不知名人士给抢走了，然後到第五群岛右下方的火箭队基地。
经过一番考验，终於找到刚才偷走蓝宝石的博士，战胜他後拿回蓝宝石。现在回去第一群岛跟站在神奇宝贝中心机器前的男士说话，便可进行蓝宝石／红宝石的对战与传输了，亦能到那达市左方的洞窟去捕捉超梦罗！洞窟内的地形非常复杂，需要花点功夫熟习路线，小心迷路喔！
收服超梦完，继续橘子群岛之旅
回到第五群岛，使用冲浪到东北方的( 幻化之穴 ) ，在里面找到一位少女。这个洞穴非常奇妙喔！若玩家不依序特定的顺序走，永远都会回到原点 ( 清楚留意有登山男子的地方就是原点 ) 。因此，以下的方式走可得到四样道具及找回该名少女，以登山男子为该层为起点：
A．右→下，获得道具！
B．随便进入一个洞回到原点；右→上→下→上，获得道具！
C．随便进入一个洞回到原点；右→上→下→下→右→右，获得道具！
D．随便进入一个洞回到原点；右→上→下→下→右→左→下→左，获得不思议糖果！
C．随便进入一个洞回到原点；右→上→下→下→右→左→下→右→上，找到少女了！跟她战斗完後，并顺便带她回家。
到达第七群岛，北方是战斗塔，玩家有兴趣不妨进去挑战看看。往第七群岛的南边走，经过木桥及一些草原，在中途分叉路往左走，草堆旁边发现有山洞，进去之後运用玩家的智慧将这七块石头推到七个坑洞上，启动机关。
机关启动之後，离开山洞，往最南边使用冲浪，玩家会在这遍海域各分布的八个阿尔夫遗迹内，捕捉各式各样种类的未知图腾喔！
接下来，石英联盟已经重新开放了，玩家可以再次去挑战四天王罗！不过四天王神奇宝贝的等级由63级起跳，进去挑战前要有心理准备！
NO.384裂空座
在冠军之路第2层抓
NO.377岩神柱
在岛1上方草地里遇得
NO.378冰神柱
在双子岛遇得
NO.379钢神柱
在无人发电站遇得
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