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性质一样，但参保对象、缴费金额、享受待遇等方面有区别，城镇居民医疗保险待遇要高一些，缴费也稍多。
农村合作医疗保险仅限农业户口人员参加，非农业户口人员不能参加，这个年交费很低，有的地区一年只要交20元钱，有的是30，也有几十的，也有一两百的，各地不同，总体来说，交费高的，报销比例也高，交费低的，报销比例也低，一般不超过50%；
3、城镇医疗又分两种：
一种是城镇职工医疗保险，这就是我们俗称的社保的医疗保险，这个是由单位统一办理的，报销比例比较高的，城镇户口无单位的，也可以以自由职业者身份办理，对于农村户口但在城镇有单位的，也可以由单位统一办理。
另一种是城镇居民医疗保险，是老人、小孩、无单位人员办理的，仅限于城镇户口人员办理。
城镇职工基本医疗保险实行统帐结合方式，参保人员在享受个人帐户门诊包干费的同时均可享受住院医疗统筹、大病互助、特殊病种包干待遇。其中：1、个人帐户资金由两部分组成一是职工个人缴费全部计入个人账户；二是用人单位缴纳并划入个人账户的基本医疗保险费，具体划入比例45岁以下的按本人上年度工资总额的0.5%划入，46岁以上到退休前的按本人上年度工资总额的1%划入，退休人员按缴费单位上年度职工年平均工资的3.2%划入。2、住院医疗统筹由统筹基金支付，与个人帐户分别核算，不互相挤占，当年统筹基金的起付标准为上年度全县职工年平均工资的10％，2006年全县二级医院为700元，原城关地区一级医院630元，各乡镇一级医院560元；最高支付限额县政府规定为上年度全县职工年平均工资的3.6倍，2006年的基本医疗保险封顶线暂为25200元，大病互助费年度最高封顶为8万元。3、封顶线以下费用的报销办法为：起付标准以下的医疗费用，由个人自付。起付标准以上、最高支付限额以下的医疗费用，剔除药品目录自负费用后，3000元以下一级医院在职自负14%、退休自负10.5%，二级医院在职自负16%、退休自负12%，三级医院在职自负18%、退休自负13.5%；3001-10000元部分一级医院在职自负10%、退休自负7.5%，二级医院在职自负12%、退休自负9%，三级医院在职自负14%、退休自负10.5%；10001元-封顶线部分一级医院在职自负6%、退休自负4.5%，二级医院在职自负8%、退休自负6%，三级医院在职自负10%、退休自负7.5%。4、大病互助指封顶线-8万元部分，其自负比例为8%；对于部分特殊病种参保人员还可享受特殊病种包干待遇。
新型农村合作医疗制度待遇要求参合农民每次到县（市）内定点医疗机构就诊时，凭合作医疗证可直接按比例报销部分医药费用；定点医疗机构将为农民报销所支付的资金数额以及相关凭据，定期报到县合作医疗办，经县合作医疗办审核并开具申请支付凭证，由代理银行或信用社直接将资金转入有关医疗机构的银行账户，做到新型农村合作医疗基金收支分离，管用分开，封闭运行。我县则明确了医疗费补助要坚持以大病住院统筹为主，适当兼顾部分特殊病门诊的原则，规定了申请医疗补助必须符合一定条件，并强调大病住院统筹主要是针对有住院指针的重症住院病人，实行不同级别医疗机构按不同比例给予费用补助。其年度封顶上限为20000元;补助起付线为：县内一级医院100元，二级医院200元，县外医院500元；补助比例为：县内一级医院60%，二级医院50%，县外医院40%。
