A.根据N(分子数)=nNA知,物质的量相等的氢气和氦气,其分子数相等,一个氢气分子中含有2个氢原子,一个氦气分子中含有一个氦原子,所以其原子个数不等,故A错误;
B.根据N(分子数)=nNA知,物质的量相等的氢气和氦气,其分子数相等,一个氢气分子中含有2个质子,一个氦气分子中含有2个质子,所以含有的质子数相等,故B正确;
C.根据m=nM知,等物质的量的氢气和氦气,其质量与摩尔质量有关,氢气的摩尔质量是2g/mol,氦气的是4g/mol,所以其质量不等,故C错误;
D.气体摩尔体积未知,导致无法判断其体积大小,故D错误;
故选B.
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