如何查看某个基因的全部外显子区段及其在染色体上的位置
1.上UCSC 2.搜索hg38中该基因 3.点击箭头处 4.点击箭头处 5.得到相关信息 block即代表外显子 蓝色标注的碱基即代表外显子的碱基
UCSC如何查找基因位点与基因甲基化的关系
你好，如果你自己有甲基化的数据，在ucsc上添加custom track，同时显示gene annotation track，找到自己感兴趣的甲基化位点，查看所对应位点的gene annotation即可。
用什么方法确定基因在染色体上的具体位置
很直观的方法是通过原位杂交来看，用一段基因特异的序列做成probe，然后对细胞进行原位杂交，这样可以看到其在染色体的相对位置。如果是常见模式生物，已经有了全基因组测序数据，那么就可以直接在genome browser里搜索该基因，ucsc或者ensembl都可以，就可以获得该基因在染色体上的coordinate ...
wig、bigWig(bw)和bedgraph(bdg)文件详解
染色体 起始坐标 步长（step）：相邻window起点之间的距离 window大小（span）：基因组上window大小，默认为1 数据行：一列，包含测序深度值。举例说明：上述介绍了wig数据部分，其实wig还有一部分是设置展示图形的参数，这里不做过多解释。UCSC提供了一个wig文件： http:\/\/genome.ucsc.edu\/goldenPath\/help...
如何ucsc判断基因是否在白细胞表达
如已知基因，预测基因，表达序列标签，信使RNA，CpG岛，克隆组装间隙和重叠，染色体带型，小鼠同源性等。用户也可以因为教育或科研目的加上他们自己的注释信息。UCSC目前应用相当广泛，比如Ensembl 就是使用它的人类基因组序列草图为基础的。用户在使用数据库及其工具时可以判断基因是否在白细胞表达。
已知CNV数据在染色体上的position如chr1:2075000-2930999,怎样批量获 ...
你可以去UCSC这个数据库中下载相应的参考注释文件，这个注释文件包含了全基因组范围内的注释。然后你在根据这个注释文件，写一个脚本判断你每一个染色体的位置落在哪个范围内，即能得到相应的Gene Symbol.
已知小rna序列怎么查基因序列数据
1、首先打开NCBI中Gene选项，输入BCL2后，点击search。2、其次寻找基因DNA序列，如图所示，可以看到基因在染色体定位。3、最后点击后进入以下页面，通过UCSC数据库可以查询该基因的基因组信息，蛋白质数据库UniprotKB相关信息，该基因在不同组织表达的RNA-seq数据，基因芯片数据，蛋白质功能域以及结构，GO富集...
做序列比对,这个工具最好用!
点击browser，可以获取目标序列在对应染色体上的位置以及所属基因等更多信息；点击details，获取目标序列的详细组成信息。浏览结果显示栏，可以查看更详细的基因结构、基因表达、序列保守性及序列变异性等信息。在BLAT Search Results显示页面，点击details获取目标序列的详细结构和组成信息。总结而言，目标序列对应...
染色体总长度怎么测量
2、使用图像分析软件：这是一种较为先进的方法，就是利用一些专业的图像分析软件，如ImageJ、Photoshop等，对染色体的照片或扫描件进行处理，测量染色体的像素长度，然后根据像素和长度的换算关系，计算出染色体的真实长度。3、使用基因组数据：这是一种最新的方法，就是利用一些公共的基因组数据库，如UCSC...
基因组注释文件(二)| gff 和 gtf文件格式说明
对于不同的基因组特征,其属性不同。 染色体是基础,后续的基因,exon等都是需要定位在染色体上的。 假基因示例如下 tRNA基因示例如下 miRNA基因示例如下 一个miRNA基因的最终会形成两个成熟的miRNA。 lncRNA基因示例如下 需要注意是,由于可变剪切的存在,一个蛋白编码基因可能会有多个转录本。 查看第9列有哪些注释信息...
