对于厄尔尼诺的成因,至今仍是一个谜团。大多科学家认为不外乎两大方面:一是自然因素。赤道信风、地球自转、地热运动等都可能与其有关;二是人为因素。即由于人类活动加剧,排放出过多的二氧化碳使全球气候变暖,这可能也是赤道暖事件剧增的原因之一。
随着科技的高速发展,尤其是人类在气象科学上取得的进步,人们在60年代已经发现厄尔尼诺和“南方涛动”密切相关,当气压差减小时,便出现厄尔尼诺现象。厄尔尼诺发生后,由于暖流的增温,太平洋由东向西流的季风大为减弱,使大气环流发生明显改变,极大影响了太平洋沿岸各国气候,本来湿润的地区干旱,干旱的地区出现洪涝。而当这种气压差增大时,海水的温度也会异常降低,这就是人们所说的“拉尼娜现象”。