在NCBI上怎么找到一个基因的外显子和内含子?

如题所述

第1个回答  2024-07-19

在NCBI数据库中寻找基因的外显子和内含子,可以通过多种途径实现,其中一种方法是利用Splign工具。以下是具体的操作步骤:

首先,登录NCBI的Gene数据库,搜索你感兴趣的基因,例如HNF-4。在搜索框中输入基因的Symbol,也就是基因的名称。每个基因都有独特的Symbol,它会随着版本更新而变化,但GeneID始终不变,这在整个数据库中具有唯一性。

在搜索结果中,你可以查看HNF4基因的结构图,它会清晰地显示该基因有10个外显子,用蓝色标记的UTR区域分别位于5'端和3'端。UTR区域包含非编码序列,对基因的功能有一定影响。

接着,进入HNF-4基因的RefSeq区域,这里提供了该基因的参考序列,包括mRNA和基因组版本。通常,以NM_开头的序列是公认的参考序列。

为了找到外显子和内含子的具体序列,可以进入Splign的在线界面。你可以通过选择mRNA或基因组的Accession,或者直接输入Fasta格式的序列进行对比。记得,基因组序列可能较长,建议从预设的下拉框选项中选择常用的生物序列。

一旦进行比对,Splign会立即给出结果,包括10个外显子的详细位置,以及它们在mRNA序列中的对应区域。同时,UTR区的序列也会一并展示,这样你就可以全面了解该基因的结构和特性了。

在NCBI上怎么找到一个基因的外显子和内含子?
在NCBI数据库中寻找基因的外显子和内含子,可以通过多种途径实现,其中一种方法是利用Splign工具。以下是具体的操作步骤:首先,登录NCBI的Gene数据库,搜索你感兴趣的基因,例如HNF-4。在搜索框中输入基因的Symbol,也就是基因的名称。每个基因都有独特的Symbol,它会随着版本更新而变化,但GeneID始终不...

在NCBI上怎么找到一个基因的外显子和内含子?
事实上,在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子,当然还有UTR区域。今天我们来介绍NCBI的其中一个使用软件Splign来在NCBI上找到一个基因的外显子和内含子。操作步骤如下:1.在Gene数据库,填入基因名HNF-4,我一般的话习惯叫Symbol,每个基因都有个Symbol,即基因名。2.我们来mouse的HN...

如何在NCBI上找到基因外显子或内含子的序列
1、首先输入基因的完整学名,找到与基因相关的cDNA序列.在这一cRNA序列的解说信息里,就已经有各外显子的分节.2、将该cDNA输入Blast进行序列比对,就可以找到其每一个外显子所对应的染色体位置,这些信息就显示了所有的外显子.处于外显子两端的序列就是内含子.3、如你需要完整的基因序列,需要在blast中...

...基因的序列,并且在序列中清楚的显示出其中的外显子和内含子...
在NCBI上的OMIM数据库输入基因名,在TITLE上就会显示它的学名。 用学名检索基因是比较靠谱的。建议用ENSEMBL找基因,显示其外显子和内含子。进入ENSEMBL的方法有两种,1.NCBI上进入基因的检索条以后,summary里会有相应的ENSEMBL的链接(see related);2.直接进入ENSEMBL主页检索该基因。进入基因的检索...

如何确定基因中的内显子和外显子?
1、进入NCBI,search下拉框中选择Gene,for后输入你的基因名称。然后在显示的结果中选择与你要研究基因相符的那个。然后在Genomic regions, transcripts, and products下有个模式图,点击上面的的编号如:NC_00…会出现Links. 选择GENEBANK。 在新界面中有mRNA,join后括号里面的就是外显子。点击外显子...

怎样在NCBI上查一个基因的内含子情况?
如果有该拟南芥的全基因序列,你可以拿cDNA的序列去比对。这样得出的结果就可以分析出内含子的情况。至于RNA的组织及时间特异性表达情况,你要分组织,分时段提取RNA,然后逆转录为cDNA,再通过RT-PCR或realtimePCR得出。还可以通过原位杂交等手段。顺便说一下,这么专业性很强的东西不要在这种地方问,很...

怎么找一段基因的外显子和内含子
NCBI上面找到那个GENE,然后呢在参考序列里面有,可以看到每一个EXON的位置,在每一个EXON的之间就是内含子

ncbi的graphics怎么看
粗的部分是代表外显子的,细的部分是代表内含子的。登录ncbi首先点击登录NCBI的主页,一般百度搜索即可获网址点击下拉菜单,登录者就可以选择不同的选项进行选择来检索,一般选择GENE的话,你就可以在后面的空白处输入基金名称,点击search即可。或者你要了解蛋白的话,就可以输入蛋白质名字,同样点击search。

用什么软件分析内含子和外显子
先上ncbi找到基因的 基因组序列(nc序列),然后找mRNA序列(nm序列),再用BLAST比对下就行了,能互补的就是外显子,中间的就是内含子。

如何确定基因的内含子和外显子序列及基因结构图
1、首先输入基因的完整学名,找到与基因相关的cDNA序列.在这一cRNA序列的解说信息里,就已经有各外显子的分节.2、将该cDNA输入Blast进行序列比对,就可以找到其每一个外显子所对应的染色体位置,这些信息就显示了所有的外显子.处于外显子两端的序列就是内含子.3、如你需要完整的基因序列,需要在blast中...

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