香港科技大学是因为1980年代经济结构转变而起。由于香港已经进入经济转接期，香港政府预计香港经济会转型为以高科技与商业为主，而工商业要求有更多大学生配合，所以当时香港政府就决定兴建第三间大学，以配合这个需要。
1984年，《中英联合声明》签署，确认英国将于1997年将香港主权移交予中华人民共和国，而当时的英军便分批撤走，部份军营也因此而空置。1986年，香港政府选址新界清水湾半岛北部大埔仔的前高希马军营（Kohima Camp）兴建香港科技大学。 1986年3月，香港政府首次公布香港将兴建第三所大学。
1986年9月，香港科技大学筹备委员会成立。
1987年6月，香港赛马会捐出港币十五亿元，作为建设科大校园的资金。
1988年9月，吴家玮教授获委任为科大创校校长。
1988年11月，香港科技大学校董会主席钟士元博士主持校园奠基仪式。
1991年1月，科大教务委员会正式成立。
1991年10月，科大举行开幕典礼。
1993年1月，与香港政府签署了一亿一千八百七十万元的合约，发展赤鱲角新香港国际机场的风切变预警系统。
1993年10月，香港科技大学举行第一次毕业典礼。
1994年2月，科大研发的激光沉积生产钻石薄膜聚合物技术，在美国获取第一个专利。
1995年1月，比尔·盖茨莅临科大以“数码化革命的未来”发表演说。
1996年1月，科大校长吴家玮教授，发起组织东亚研究型大学协会。
1997年12月，凯洛格 - 科大EMBA课程正式展开。
1999年4月，钟士元博士退任校董会主席并获委任为大学首位副校监。罗康瑞博士出任校董会主席；工商管理学院获AACSB国际协会所认可。
1999年9月，研究项目“资讯科技”被大学教育资助委员会选作卓越学科领域，是科大首个获此资助的项目。
2000年11月，科大成功研发世界最细单壁纳米碳管，直径为0.4nm（纳米）。
2001年4月，科大庆祝十周年校庆。
2001年9月，研究项目“分子神经科学研究之基础研究及新药开发”被大学教育资助委员会选作卓越学科领域，是科大第二个获此资助的项目。
2001年11月，朱经武教授出任科大的第二任校长。
2002年5月，陈祖泽博士获委任为第三任校董会主席。
2003年9月，大学的纳米材料技术研究所正式成立。
2003年10月，凯洛格 - 科大EMBA课程，被《金融时报》在全球七十五个课程中，评为世界第九位。
2005年7月，霍英东基金捐赠港币八亿元，支持科大策略发展及内地拓展计划。
2006年5月，大学图书馆命名为李兆基图书馆，以表彰他对大学的贡献。
2006年6月，斯蒂芬·霍金教授，为高等研究院主持首场讲座。
2007年1月，香港科大霍英东研究院及其研究中心在南沙举行开幕仪式。
2007年3月，李兆基基金会捐款港币四亿元予科大。
2007年12月，凯洛格 - 科大EMBA课程，首次在《金融时报》的排名榜中位列第一。
2008年4月，张建东博士获委任为第四任校董会主席。
2008年12月，香港科大深圳产学研大楼举行奠基仪式。
2009年3月，陈繁昌教授出任第三任科大校长。
2009年10月，凯洛格 - 科大EMBA课程被《金融时报》第二次评为世界第一。
2010年6月，香港科大霍英东研究院大楼在南沙动土兴建。
2010年6月，科大成立首个分子神经科学国家重点实验室。
2010年7月，周大福郑裕彤基金捐赠九千万元支持科大建设新的研究和学术大楼。
2010年9月，香港科技大学举办首个俄铝校长论坛。
2011年4月，科大庆祝二十周年校庆，时任中华人民共和国全国人民代表大会常务委员会副委员长韩启德教授及香港特别行政区行政长官曾荫权先生亲临主持庆典 。
2011年5月，香港科技大学获《QS亚洲大学排名》 ( Quacquarelli Symonds ( QS ) Asian University Rankings ) 列为亚洲排名第一的大学 。
2011年9月，科大深圳产学研大楼举行开幕仪式。
2012年4月，郑裕彤大楼举行奠基仪式。
2012年7月，“神经系统疾病干细胞研究策略”和“低本高效、绿色环保的LED芯片系统研究”获研究资助局拨款开展主题研究。
2012年10月，凯洛格 - 科大EMBA课程连续第四年被《金融时报》评为世界第一。
2013年6月，香港科技大学连续三年获《QS亚洲大学排名》 (Quacquarelli Symonds (QS) Asian University Rankings) 列为亚洲排名第一的大学 。
2013年7月，“新型的光波及声波功能材料研究”和“神经突触的发育，讯号转导及精神疾病的分子机理研究”获大学教育资助委员会选作卓越学科领域。
2013年9月，李兆基校园举行开幕典礼；科大成立先进显示与光电技术国家重点实验室。
2013年10月，凯洛格 - 科大EMBA课程连续第五年被《金融时报》荣膺全球第一。
2013年11月，香港科技大学赛马会高等研究院举行冠名典礼暨冠名教授席就职典礼。
2014年10月，何廷锡伉俪全新访客资讯中心举行开幕典礼。
2014年12月，香港科技大学霍英东研究院新大楼举行开幕典礼；科大毕业生就业能力全球排行16位，位列大中华院校之首 。
2015年1月，教资会“2014研究评审工作”评价显示，科大研究达“世界领先水平”，成绩称冠。
2015年3月，廖长城议员获委任为第五任校董会主席。
2015年7月，科大“本科生研究计划”踏入十周年。
2015年9月，水上活动中心一期工程举行动土仪式。
2015年11月，科大毕业生于全球大学就业能力调查及排行14位，蝉联大中华院校之首 。
2016年2月，郑裕彤楼举行开幕典礼。
