问题 1. 资料を机の上に置きます、换成，资料を机の上に置いておきます，意思感觉有什么样的变化呢

Question

问题 2. 资料を机の上に置いておきますか？和资料を机の上に置いておいてもいいですか？这两个句子是不是意思一样，只是后者比较委婉客气点的说法，对吗？
问题 3 . 资料を机の上に置いておきます、变成，，资料を机の上に置いておきました、资料を机の上に置いていきません，，意思又怎么变了呢

Answer 1

问题 2.
其实这个不要想得那么复杂，在中文里也是，询问式的疑问句比肯定句更客气。
所以你的理解没有错，置いておいてもいいですか更加委婉。
在口语里，也经常说置いといてもいいですか？这样容易发音

问题 3
资料を机の上に置いておきました
我已经把资料放在桌子上了。
这是典型的过去时

资料を机の上に置いていきません
这句在语法上没错，不过不太有这样的说法
只有在比较生气时会这么说，意思是别把资料就这么放在桌子上！
口气是上级对下级的

Answer 2

第一个，说的是桌子上放着资料，后一句是专门放了资料。第二个前一个是桌子上有准备资料吗后一个是放上资料也可以吗。所以意思不一样。第三个第一个是有资料。第二个放过了资料，第三个没放。日语的过去时是第二个