清初，内班共有监生150名，每堂25名，外班120名，每堂20名。清乾隆初年，改内班每堂为30名，这样内、外班共300名，既而又裁减外班120名，拨年班24名为外班生。
国子监授课和考试的办法是：每月初一、十五日师生向孔子行祭奠礼毕，听助教或学正、学录讲解经书，然后覆讲、上书、覆背，每月3回，周而复始。
所习内容为“四书”、“五经”等，还有兼学习“三经”和“二十一史”的。每人每日要摹名帖数百字，并立日课册，按期交助教等查验。每月十五日，祭酒、司业轮换考课四书文1篇，诗1首，称大课。一般是司业月考，祭酒季考。另外，每月初一日，在博士厅课经文、经解和策论。每月初三及十八日，助教、学正和学录还要分别主持考课，试四书文、经文和诗策等。
监生坐监的期限，始初各种贡监生并不一样。恩贡、由廪生出身的副贡，时间昀短，为6个月。其他有8个月、14个月、24个月的。例监昀长，为36个月。1727年规定，各监生肄业，均以3年为期。修业期满后，可应吏部铨选，以教谕、训导等选用。
清代还给国子监学生制定了严格的学规。顺治初年颁布国子监学规18条，康熙年间又以“圣谕“的方式颁布《圣谕十六条》。雍正时期又将《圣谕十六条》修订为《圣谕广训》，用以约束学生，并规定每月初一、十五必须将国子监学生集中在一起，由教官宣读。
雍正时期的16条国子监学规基本内容是：敦孝悌以重人伦；笃宗族以昭雍睦；和乡党以息争讼；重农桑以足衣食；尚节俭以惜财用；隆学校以端士习；黜异端以崇正学；讲法律以儆愚顽；明礼让以厚风俗；务正本以定民心；训子弟以禁非为；息诬告以全善良；戒逃匿以免株连；完钱粮以省催科；联保甲以弭盗贼；解仇忿以重生命。
这些内容在当时的条件下是以特定的封建礼教、法制纲常为内涵的。这个学规具有一般学规的共同特点，如道德人伦、勤劳节俭、和睦友爱、端正风气、遵纪守法等。
