分以下几种情况:
1、如果用人单位为劳动者提供专项培训，与劳动者订立了协议约定了服务期，那么劳动者违反服务期的约定，应当支付用人单位违约金，这个违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用；
2、如果用人单位与劳动者签订竞业禁止协议，劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金；
3、除了以上两种情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金；如果违法扣除违约金，可以到劳动监察大队投诉。
法律依据《劳动合同法》
第二十二条 用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。
第二十三条 用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
第二十四条 竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。
第八十四条 用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。
用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
劳动者依法解除或者终止劳动合同，用人单位扣押劳动者档案或者其他物品的，依照前款规定处罚。
2、如果用人单位与劳动者签订竞业禁止协议，劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金；
3、除了以上两种情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金；如果违法扣除违约金，可以到劳动监察大队投诉；
4、法律依据《劳动合同法》
第二十二条 用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。
第二十三条 用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
第二十四条 竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。
第八十四条 用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。
用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
劳动者依法解除或者终止劳动合同，用人单位扣押劳动者档案或者其他物品的，依照前款规定处罚。
【2】劳动者违法解除劳动合同对单位造成损失的，应当赔偿损失。
【3】劳动者在合同期内提前30日通知单位可解除劳动合同。
【4】你的情况如劳动合同约定违约金1000，且不属于【1】中所说两种情形，该约定无效，单位无权扣除1000元违约金。但如你没依法提前30日通知单位解除合同，单位有权向你索要适当的赔偿，包括一时找不到人接替工作造成的损失等。
【5】如你已经依法履行通知义务后解除合同，单位仍扣除你1000元。你可向劳动监察大队投诉，可向劳动仲裁委提起仲裁，之后还可在法院提起诉讼。建议采取投诉的方式。本回答被提问者和网友采纳
