建文帝到底去哪里了？我认为两种可能性最大：
①改名换姓，隐藏于民间
建文帝不知所踪的根源产生于朱棣打进南京以后，建文帝就神秘消失了，谁也再没有见到过这位皇帝。朱棣进入皇宫以后，太监们虽然说皇帝和皇后都被烧死了，还信誓旦旦的找出几具尸体，可是在那个没有DNA检测技术的年代，谁敢肯定这就是建文帝的尸骨？
谷王橞及李景隆叛，纳燕兵，都城陷。宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之——《明史·恭闵帝》
朱棣肯定也只能接受这个结果，他总不能对外公开说建文帝不知所踪，要求天下人搜捕建文帝吧？这样一来他如何能够确保自己政权的合法性，他又怎么保证有心之人不会打着建文帝的名义起来反对他呢？
尤其是当时各省官员都在观望，所以朱棣只能接受这个结果，对外宣称说建文帝已经被烧死了。朱棣继位后给朝鲜国王送去的诏书中就给自己辩解说：不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃。既然前任皇帝已经死了，朝鲜国王自然也就只能承认朱棣的地位。
这事在当时就闹的沸沸扬扬，正统五年还发生了假冒建文帝的事情。
或云帝由地道出亡。正统五年。有僧自云南至广西，诡称建文皇帝。恩恩知府岑瑛闻于朝。按问，乃钧州人杨行祥，年已九十余，下狱，阅四月死。
虽然朱棣极力隐瞒这件事，但是相信还是因为朝廷中的大臣把这个消息泄露了出去，才导致民间捕风捉影。在那个没有监控，没有DNA时代，想要找到一个人是极为困难的，唯一的手段无非就是凭借画像。
可实际上真正见到皇帝的人又有多少呢？即便朱棣暗中派人去寻找建文帝，但只要建文帝刻意改变一下自己的妆容，想来要在茫茫世间找到一个人不是那么容易的事情吧。即便在上个世纪乃至二十几年前，一个人失踪就失踪了，照样还不是找不到。
假设说建文帝当时没有烧死，而是在心腹太监的帮助下逃出了皇城。那么想必他们只敢改名换姓，逃到一个远离北京城的其它省份隐藏起来，谁都不知道他是谁。现在的一些主流的猜测就是说建文帝剃发出家了，这确实是一个隐藏身份的绝佳办法。
头发一剃，成天待在寺庙里吃斋念佛，想必朱棣再有本事，也不可能找到建文帝。但这些都只是猜测，也是民间的牵强附会，并不值得相信。
②自焚而死
其实这一点也并非没有可能，据《明史》的记载说，当时朱棣带兵包围南京时，方孝孺曾力劝建文帝坚守南京城，以待援兵，如果行不通的话，也应该自杀殉国。倘若这件事是真的话，那么建文帝极有可能接受了方孝孺的建议，在李景隆打开城门迎接朱棣进城后，深感回天无力了，只好一把火烧掉宫殿，随即自焚。
孝孺力请守京城以待援兵，即事不济，当死社稷。乙丑，金川门启，燕兵入，帝自焚——《明史·方孝孺传》
当然了，《明史》是在清代编撰的，这时候距离明朝已经过去两百多年，张廷玉在编撰这一段资料的时候也只是引用了这些未加证实的资料。但是从某种意义上来说，建文帝死于自焚也并非没有可能。
毕竟在那样一种绝望的处境下，建文帝并非没有理由自杀。所以这件事无论怎么推测，其实无非就是两种结果：要么死了，要么跑到民间去躲藏起来了。不过要说建文帝躲到哪里去了，这个没法回答，也没有办法推测。
除非等将来研制出时光机了，这些历史谜团才有可能得到揭晓。另外再说一下，建文帝躲在民间，只要死守住自己的身份秘密，朱棣就算是找到死也不可能找到他。这里是有一个例子的，汉武帝晚年爆发的“巫蛊之祸”。
太子刘据因为遭到诬陷，最后起兵造反，最后被自己的父亲汉武帝打败。刘据逃出长安城，藏在一个距离长安三百里，潼关三十里的地方，一共藏了一个月。原本官兵一直没有找到他，后来还是因为他自己听说一位旧相识在湖县，于是派人去找这位旧相识，大概是想让这位旧相识收容他。
因为当时他藏在一个农民家中，这户农民非常贫困，也养不起他。结果这位旧相识因为害怕连累自己，就把他给告发了。刘据这才暴露自己的行踪，但刘据不愿受到官兵的侮辱，就自杀身亡了。建文帝面对自己这个叔叔，其心情多半也是一样的，他也知道如果投降朱棣，恐怕自己以后的日子也不好过。
所以干脆自杀算了，其实从某种意义上来说，这对于建文帝而言是最好的结果。
